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韩国赤芝全基因组重测序分析

文献类型： 中文期刊

作者： 朱风丽 1 ; 徐晓兰 1 ; 陈体强 1 ; 石林春 1 ; 缪晓青 1 ; 兰进 1 ;

作者机构： 1.福建农林大学食品科学学院;福建农林大学蜂学学院;福建省农业科学院食用菌研究所;中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所

关键词： 菌丝生长;全基因组重测序;单核苷酸多肽性(SNP);小片段插入缺失(InDel);结构变异(SV);转录因子;细胞色素P450

期刊名称： 世界科学技术-中医药现代化

ISSN： 1674-3849

年卷期： 2019 年 04 期

页码： 764-774

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 目的:探索韩国赤芝与中国赤芝CGMCC5.0026间在基因组水平上存在的差异,为赤芝的遗传育种提供研究基础。方法:采用高通量重测序技术,对韩国赤芝进行全基因组重测序,并对单核苷酸多态位点突变(SNP)、小片段插入缺失变异(InDel)、结构变异(SV)进行检测和注释。对DNA水平变异基因进行KEGG、GO、COG、NR、SwissProt数据库注释。结果:韩国赤芝重测序覆盖深度为44×,与中国赤芝CGMCC5.0026相比,共发现10607个基因发生非同义SNP,4774个InDel和1428个SV,共导致9469个基因发生变异。这些变异基因中有转录因子86个,细胞色素P450 195个。结论:本研究通过对中国赤芝和韩国赤芝基因组序列进行比较,为赤芝的分子标记育种和对完善灵芝模式真菌研究体系提供了基础。

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