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籽粒苋丙酮酸磷酸二激酶(PPDK)基因的密码子偏好性

文献类型： 中文期刊

作者： 聂江婷 1 ; 白云凤 2 ; 贺飞燕 1 ; 闫建俊 2 ; 张维锋 2 ;

作者机构： 1.山西大学生物工程学院

2.山西省农业科学院作物科学研究所

关键词： 籽粒苋;密码子偏好性;PPDK基因

期刊名称： 植物学报

ISSN： 1674-3466

年卷期： 2014 年 49 卷 06 期

页码： 672-681

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 运用CHIPS、CUSP和Codon W等程序分析了双子叶C4植物籽粒苋(Amaranthus hypochondriacus)丙酮酸磷酸二激酶(PPDK)基因的密码子偏好性,并与马铃薯(Solanum tuberosum)和苜蓿(Medicago truncatula)等双子叶植物及水稻(Oryza sativa)和玉米(Zea mays)等单子叶植物进行了比较,建立了聚类树状图,以期在作物高光效基因工程中为籽粒苋PPDK基因选择合适的受体植物提供依据。研究结果表明,籽粒苋PPDK基因偏好于以A或T结尾的密码子,与其它几种被比较的双子叶作物的PPDK基因密码子偏好性趋势一致,而玉米和水稻等单子叶植物更偏好使用以G或C结尾的密码子。PPDK基因密码子使用偏好性的系统聚类分析表明,籽粒苋与马铃薯和苜蓿等双子叶植物聚为一类,而稗草(Echinochloa crusgalli)、玉米和高粱(Sorghum bicolor)等单子叶植物聚为一类,与系统进化地位一致。但单子叶植物水稻的密码子偏好性与籽粒苋较为接近,与玉米和高粱相差较远。为了选择合适的蛋白质表达系统,比较并分析了籽粒苋PPDK基因的密码子偏好性与大肠杆菌(Escherichia coli)及酵母菌的异同,发现其与酵母菌的差异小于大肠杆菌,表明选择酵母菌表达系统更为合适。

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[2]籽粒苋叶绿体基因组密码子偏好性分析. 冯瑞云,梅超,王慧杰,雷梦林,田翔,侯雅静. 2019

[3]籽粒苋苹果酸酶(NAD-ME)基因密码子偏好性分析. 李平,白云凤,冯瑞云,王原媛,张维锋. 2011

[4]植物PPDK基因在基因工程中的应用. 王原媛,白云凤,张定宇. 2010

[5]蒙古黄芪异黄酮合成酶基因密码子偏好性分析. 冯瑞云,田翔,程宏,王慧杰,梅超,左敏,雷梦林. 2019

[6]籽粒苋苹果酸酶基因克隆及分析. 李平,白云凤,张维锋. 2010

[7]籽粒苋丙酮酸磷酸双激酶(PPDK)基因的克隆及其特征分析. 冯瑞云,王原媛,闫建俊,雷梦林,郝雅萍,白云凤. 2019

[8]籽粒苋AhNAD-ME的序列特征与表达. 白云凤,聂江婷,张忠梁,李平,张维锋,闫建俊,冯瑞云,张耀. 2014

[9]籽粒苋优异性状相关基因的发掘利用研究进展. 贺飞燕,施俊凤,闫建俊,聂江婷,冯瑞云,张维锋,白云凤. 2015

[10]籽粒苋品种比较试验. 刘建宁,闫柳松,王运琦,吴欣明,张丽珍,张文淑. 2000

[11]籽粒苋C_4关键酶丙酮酸磷酸双激酶基因的原核表达及酶活性测定. 贺飞燕,闫建俊,白云凤,冯瑞云,张维锋. 2017

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