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基于高通量测序技术的鱼类环境DNA研究中通用引物的筛选验证

文献类型： 中文期刊

作者： 张爱菊 1 ; 郝雅宾 1 ; 郭爱环 1 ; 刘金殿 1 ; 练青平 1 ; 周志明 1 ;

作者机构： 1.浙江省淡水水产研究所中国水产科学研究院东海水产研究所浙江研究中心浙江省淡水水产遗传育种重点实验室农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室

关键词： 引物验证;环境DNA;高通量测序;钱塘江

期刊名称： 浙江农业学报

ISSN： 1004-1524

年卷期： 2019 年 010 期

页码： 1615-1623

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了筛选出一个或多个适宜研究环境DNA(environmental DNA,eDNA)的鱼类通用引物,本实验选取了5对引物,分别对鱼类线粒体细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)基因、16S rDNA和细胞色素c氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因部分片段进行扩增.在对两个水样eDNA进行扩增后发现,引物CY45M和1634M均扩增出目的条带,且扩增产物质量适用于后续的高通量测序,而引物CYFM、16ACM和COⅠM均没有扩增出目的条带.继续对另外7个水样eDNA扩增后发现,引物CY45M和1634M在所有水样eDNA中均取得良好的扩增效果.对目的产物进行Illumina Miseq测序后发现,引物CY45M和1634M扩增产物注释上的鱼类物种均为11种,二者获得的鱼类种类既存在差异也存在重复.综上所述,引物CY45M和1634M都可作为鱼类群落结构eDNA研究的通用引物.

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