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牛场辣椒的全基因组SNP标记分析

文献类型： 中文期刊

作者： 黄冬福 1 ; 何建文 1 ; 江叶莎 2 ; 付文婷 1 ; 范高领 1 ; 吴迪 1 ; 詹永发 1 ; 石燕金 1 ; 王楠艺 1 ;

作者机构： 1.贵州省农业科学院辣椒研究所

2.遵义市农业农村局

关键词： 辣椒;重测序;SNP;分子标记数量;分布特征

期刊名称： 种子

ISSN： 1001-4705

年卷期： 2022 年 41 卷 004 期

页码： 100-105

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本试验以牛场辣椒为研究对象,利用Illumina HiSeq 2000平台进行全基因组重测序,通过生物信息学软件分析测序质量、SNP在染色体和基因组上的分布规律和特征.结果表明,本研究获得了783349390条clean reads,基因组覆盖率98.23%,测序深度36.35×;12条染色体上共获得9141358个SNP,10号染色体上的纯合SNP最多,9号染色体上的纯合SNP最少;不同染色体上SNP密度分布不同;SNP分布在基因组上5个位置且数量不同,基因间(94.68%)>基因内(3.64%)>基因上游(0.9%)>基因下游(0.74%)>基因上游/下游;基因内SNP数量依次为内含子(281002)>外显子(51242)>剪接位点(288);外显子上有4种类型的SNP变异且数量不同,非同义突变(31265)>同义突变(19079)>终止子获得(710)>终止子缺失(188);发生转换的SNP数量是颠换的1.99倍.牛场辣椒SNP的出现频率为1个/366 bp,其中外显子上的51242个SNP具有开发成功能标记的潜力,外显子上SNP产生的710处终止子获得对基因功能研究具有重要意义.

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