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蓖麻LEA基因家族的全基因组鉴定、分类及其进化分析

文献类型： 中文期刊

作者： 邹智 1 ; 黄启星 2 ; 安锋 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院橡胶研究所/农业部橡胶树生物学与遗传资源利用重点实验室

2.中国热带农业科学院热带生物技术研究所/农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室

关键词： 蓖麻;全基因组;LEA基因家族;分类;进化分析

期刊名称： 中国油料作物学报

ISSN： 1007-9084

年卷期： 2013 年 35 卷 06 期

页码： 637-643

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 基于已公布的基因组和EST数据对蓖麻LEA基因家族进行全面鉴定和系统命名,并在此基础上分析了其基因结构、生化特征、进化关系和表达特性。结果显示,蓖麻基因组中存在27个LEA基因,分属于LEA_1、LEA_2、LEA_3、LEA_4、LEA_5、LEA_6、dehydrin和SMP 8个亚家族,它们散布于24条scaffold上,含有0~2个内含子不等,且其中有3个基因存在可变剪接;根据编码蛋白中的Pfam结构域类型及其进化关系,将这些基因依次命名为RcLEA1-1和-2、RcLEA2-1和-2、RcLEA3-1至-3、RcLEA4-1至-7、RcLEA5-1和-2、RcLEA6-1和-2、RcLEA7-1至-5和RcLEA8-1至-4;利用BLAT分析基因表达谱显示,在叶片、花、II/III期胚乳、V/VI期胚乳和种子等组织中,所有RcLEA基因都有表达;启动子分析表明,RcLEA基因的启动子区富含LTRE、ABRE、MYC、MYB和W-box等逆境应答相关顺式作用元件。

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