您好,欢迎访问广东省农业科学院 机构知识库!

基于小RNA深度测序技术鉴定侵染广东辣椒的病毒种类

文献类型: 中文期刊

作者: 汤亚飞 1 ; 裴凡 1 ; 李正刚 1 ; 佘小漫 1 ; 于琳 1 ; 蓝国兵 1 ; 邓铭光 1 ; 何自福 1 ;

作者机构: 1.广东省农业科学院植物保护研究所/广东省植物保护新技术重点实验室

关键词: 辣椒病毒病;种类鉴定;小RNA深度测序;RT-PCR;广东省

期刊名称: 中国农业科学

ISSN: 0578-1752

年卷期: 2019 年 13 期

页码: 2256-2267

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 【目的】病毒病是广东省辣椒生产上主要病害之一,田间病株率一般为5%—30%,严重时可达100%。本研究旨在探明危害广东辣椒的病毒种类,为辣椒病毒病的防控提供理论依据。【方法】2013—2016年,从广东省广州、佛山、惠州、江门、梅州、湛江、茂名和韶关8市辣椒主要种植区采集疑似病毒病辣椒样品125份,分别提取每份辣椒病样总RNA,对从茂名、梅州、韶关3市采集的病样按地点和症状混合成7份混合病样进行小RNA深度测序分析,根据小RNA深度测序分析结果,对每种病毒分别根据小RNA深度测序拼接的基因片段序列和GenBank数据库中与该拼接序列同源性最高的病毒基因组序列保守区设计2对特异性引物,以小RNA深度测序的病样RNA为模板进行RT-PCR扩增,根据扩增效果对引物进行筛选,进一步应用筛选出的引物,对采集于广东省的125份辣椒病样分别进行RT-PCR检测,根据检测结果明确危害广东辣椒的病毒种类。【结果】从采集于广东省8市的辣椒主要种植区的125份病样中检测到14种病毒,按照检出率从高到低依次为辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus,PMMoV)(44.0%)、甜椒内源RNA病毒(Bell pepper endornavirus,BPEV)(32.8%)、烟草轻型绿花叶病毒(Tobacco mild green mosaic virus,TMGMV)(31.2%)、辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus,ChiVMV)(29.6%)、辣椒黄脉病毒1(Pepper vein yellow virus 1,PeVYV-1)(26.4%)、甜椒斑驳病毒(Pepper veinal mottle virus,PVMV)(25.6%)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)(18.4%)、辣椒环斑病毒(Chilli ringspot virus,ChiRSV)(16.8%)、辣椒黄脉病毒6(Pepper vein yellow virus 6,PeVYV-6)(16.8%)、马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)(15.2%)、辣椒褪绿病毒(Capsicum chlorosis virus,Ca CV)(14.4%)、蚕豆萎蔫病毒2号(Broad bean wilt virus 2,BBWV-2)(9.6%)、辣椒隐症病毒1(Pepper cryptic virus 1,PCV1)(8.8%)、烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)(4.0%)。其中,PMMoV、BPEV、TMGMV、ChiVMV、PeVYV-1和PVMV 6种病毒的检出率在25%以上,但PMMo V、Chi VMV和PVMV分布广泛,PMMo V除了茂名外,Chi VMV除了韶关外,其他7市辣椒产区均有分布;PVMV广泛分布于8市辣椒产区,根据检出率和分布范围,得出PMMo V、Chi VMV和PVMV是危害广东辣椒的优势病毒。同时发现,广东辣椒上多种病毒复合侵染现象普遍,在本研究125份病样中病毒复合侵染率达到88.0%,其中2种、3种、4种、5种、6种、7种和8种病毒复合侵染检出率分别为28.0%、25.6%、12.0%、9.6%、6.4%、1.6%和2.4%,由此可知,2种和3种病毒复合侵染是主要侵染形式。【结论】危害广东辣椒的病毒有14种,其中PMMo V、Chi VMV和PVMV为优势病毒,且复合侵染普遍,2种和3种病毒复合侵染是主要侵染形式。

  • 相关文献

[1]基于小RNA深度测序和RT-PCR检测侵染广东省冬种马铃薯的病毒. 路秉翰,汤亚飞,于琳,佘小漫,邓铭光,何自福. 2019

[2]广西番茄花叶病毒和番茄褪绿病毒的分子鉴定. 李战彪,莫翠萍,陈锦清,秦碧霞,崔丽贤,谢慧婷,蒋雅琴,汤亚飞,蔡健和. 2023

[3]广东省蒲瓜病毒种类鉴定及多重RT-PCR检测方法的建立. 苏琦,汤亚飞,佘小漫,蓝国兵,于琳,吴正伟,李正刚,何自福. 2023

[4]广东省糯玉米育种生产概况与发展趋势. 刘建华. 2008

[5]广东省发展现代农业的经验与启示. 杨贤智,万忠,苏柱华. 2007

[6]基于4种线粒体基因序列的广东省南雄市农区小型兽类DNA条形码分析. 姜洪雪,姚丹丹,林思亮,冯志勇. 2022

[7]侵染我国主要蔬菜作物的病毒种类、分布与发生趋势. 李凡,李月月,张松柏,高希武,谢艳,燕飞,张安盛,戴良英,程兆榜,丁铭,牛颜冰,王升吉,车海彦,江彤,史晓斌,何自福,吴云锋,张德咏,青玲,严婉荣,杨学辉,汤亚飞,郑红英,唐前君,章松柏,章东方,蔡丽,陶小荣. 2019

[8]广东省农业现代化科技示范区的能值分析与评价指标研究. 陈栋,邹冬生,唐湘如,史亮亮,刘建峰. 2006

[9]谈广东蔬菜对港输出. 洪建军,赫新洲. 1998

[10]广东农科教结合的实践与思考. 林佩珍,周迅. 1999

[11]广东省主流肥料质量与环境风险分析. 逄玉万,唐拴虎,张发宝,李苹,付宏婷,黄旭,黄巧义. 2014

[12]广东省农业生产结构调整中的粮食供需平衡. 袁志清. 2001

[13]2010年广东蔬菜产业发展形势与展望. 林伟君,罗慧君. 2011

[14]2009年广东省蔬菜产业发展现状分析. 熊瑞权,林伟君,万忠,刘自珠. 2010

[15]广东省罗非鱼的出口现状及应对措施. 雷光英. 2008

[16]2009年广东菠萝产业发展现状分析. 徐一菲,周灿芳,万忠,张金鸽,朱世江. 2010

[17]2012年上半年广东农业农村经济形势及对策建议. 郑素芳,方伟,万忠,林伟君. 2012

[18]农业专业化的时空演化规律及空间集聚效应探析——以广东省种植业为例. 储霞玲,黄修杰,姚飞,马力,洪建军. 2020

[19]第二次全国污染源普查广东省农业污染源普查工作经验及取得成效. 王玉源,申健,李振森,黄玩群,吴东妮,刘少群. 2019

[20]广东省农产品质量安全监管体系的现状、问题与对策. 林伟君,柴玲玲,万忠. 2010

作者其他论文 更多>>