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杜仲EuDREB1基因的克隆及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 杨玲玲 1 ; 王磊 1 ; 赵德刚 1 ; 赵懿琛 1 ;

作者机构： 1.贵州大学生命科学学院农业生物工程研究院贵州省农业生物工程重点实验室山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室;贵州省山地生态与农业生物工程2011协同创新中心;贵州省农业科学院;贵州大学茶学院

关键词： 杜仲;EREBP基因家族;EuERDB1;基因克隆;生物信息学分析

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2018 年 21 期

页码： 6990-6996

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究在课题组已构建的杜仲基因组数据库注释的信息基础上设计特异性引物,利用同源克隆的方法从杜仲转录本中克隆得到一个基因的全长编码序列(CDS),将该基因命名为EuDREB1。序列分析结果表明EuDREB1基因的CDS序列全长为255 bp,共编码84个氨基酸,包含1个AP2结构域,且该结构域的第14位氨基酸为缬氨酸(V),符合DREB类转录因子的蛋白序列特征,推断EuDREB1基因属于该类转录因子基因。分析可知,转录因子EuDREB1为不稳定的亲水性蛋白,相对分子质量为9.41 kD,理论等电点pI为5.66,含有磷酸化位点但不具有信号肽及跨膜结构;其二级结构中含有4个α-螺旋、1个β-折叠及6个无规卷曲;其三级结构以α螺旋及β折叠为主,符合AP2结构域的模型特征。本研究通过克隆EuDREB1基因并进行相应的生物信息学分析,为进一步探明杜仲DREB转录因子相关基因的功能提供了一定的实验基础。

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