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植物SNP数据库及转化CAPS的方法

文献类型： 中文期刊

作者： 闫双勇 1 ; 刘小红 2 ; 苏京平 1 ; 马忠友 1 ; 孙林静 1 ; 卢百关 3 ;

作者机构： 1.天津市水稻研究所

2.西华师范大学生命科学学院

3.江苏省连云港市农科院

关键词： 单核苷酸多态性;SNP数据库;酶切扩增多态性序列

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2006 年 4 卷 03 期

页码： 147-151

收录情况： CSCD

摘要： 单核苷酸多态性(SNP)在植物基因组中广泛存在,基于SNP的分子标记也正越来越广泛地应用到植物基因定位、图位克隆及分子标记辅助育种等方面。模式植物拟南芥和水稻的全基因组序列测定已经完成,拟南芥有两种生态型完成了全序列测定,水稻有两个品种完成了全序列测定。许多植物有来自不同品种或不同组织器官或生长发育阶段的大量的EST序列。这些序列是植物SNP开发的重要资源。利用生物信息学手段对全基因组序列或EST序列进行分析已经形成了许多SNP位点数据库,这些数据库的建立为基于SNP的基因功能研究及分子标记开发提供了宝贵的资源。本文对植物SNP位点开发涉及的数据库资源及已经形成的SNP位点数据库进行了总结,并讨论了将SNP位点转化成CAPS或dCAPS标记的方法和相应的工具软件。

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