文献类型： 中文期刊
作者： 王瑞 1 ; 凌亮 2 ; 詹鹏杰 1 ; 于纪珍 1 ; 楚建强 1 ; 平俊爱 1 ; 张福耀 1 ;
作者机构： 1.山西省农业科学院高粱研究所/高粱遗传与种质创新山西省重点实验室
2.山西省农业科学院食用菌研究所
关键词： 高粱;分蘖与主茎株高一致;SLAF;SNP
期刊名称： 作物学报
ISSN： 0496-3490
年卷期： 2019 年 45 卷 006 期
页码： 829-838
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 用分蘖与主茎株高一致的高粱品系K35-Y5与分蘖明显高于主茎的高粱恢复系1383杂交,F1自交获得F2分离群体,构建两混池,采用BSA(bulked segregation analysis)和SLAF(specific length amplified fragment sequencing)技术将高粱分蘖与主茎株高一致基因定位.遗传分析表明,分蘖与主茎株高一致性状由1对隐性核基因控制.参考已公布高粱基因组设计酶切方案,构建SLAF文库并测序.对高粱参考基因组序列进行电子酶切预测,确定限制性内切酶为Rsa I+Hae III,酶切片段长度为364~414 bp;测序Q30为91.70%,GC含量为45.79%,达到测序要求;与水稻的测序数据相比,高粱的双端比对效率为93.35%,酶切效率为90.60%,SLAF建库正常.共获得30.80 M reads,开发出133,246个SLAF标签,再通过分析SLAF标签的多态性,检测到319,428个SNP位点.利用SNP-index法和Euclidean distance法及取两者交集进行关联分析,最后得到一个关联区域,位于第9染色体上的54,788,026~56,740,873区间内,关联区域长度1.95 Mb.分析关联区域内的基因在2个亲本之间SNP,对这些SNP进行变异的注释,发现4个非同义突变的SNP.经验证,这4个SNP位点和分蘖与主茎株高一致性状相关.对应到Sobic.009G197901.1、Sobic.009G213300.1和Sobic.009G221200.1三个基因上,这些基因可能是与性状直接相关的功能基因.
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