文献类型： 中文期刊
作者： 李小白 1 ; 金凤 2 ; 金亮 3 ; 马广莹 3 ;
作者机构： 1.浙江省农业科学院园艺研究所
2.湖北大学生命科学学院
3.浙江省农业科学院花卉研究开发中心
关键词： 建兰;分子标记;基因内部微卫星;功能注释
期刊名称： 农业生物技术学报
ISSN： 1674-7968
年卷期： 2014 年 22 卷 08 期
页码： 126-136
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 建兰(Cymbidium ensifolium)因基因组信息缺乏导致其分子标记的开发和利用受到一定限制。为了开发可靠、有效的分子标记,本研究对建兰转录组进行了大规模测序,并对此数据进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)搜索。根据基元、长度和所在位置选取80对genic-SSR进行引物设计;在12个建兰品种中进行扩增验证,结果发现,61对引物成功扩增,其中39对引物有多态性,其多态信息含量(polymorphism information content,PIC)范围为0.141~0.746,平均为0.348;对成功扩增的61个genic-SSR所在的独立基因(unigene)序列进行包括非冗余(non-redundant,NR)数据库、基因本体论(gene ontology,GO)、真核细胞的直系同源组(eukaryotic orthologous groups,KOGs)和代谢途径(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)的注释,发现52个genic-SSR所在的unigenes比对上了NR的序列、38个unigenes归入了25个GO词汇、18个归入了9个KOG分类,15对genic-SSR涉及到了14条KEGG途径。以上结果表明,来自于建兰转录组的39对引物不但具有一定的多态性,而且通过注释赋予了其许多基因功能的信息,是图谱构建和基因定位的理想分子标记。由于这些引物具有一定的通用性,还可用于整个兰属遗传多样性和群体结构的分析。
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