文献类型： 中文期刊
作者： 张峥 1 ; 黄倢 1 ; 高强 1 ; 成君军 1 ; 王明森 1 ;
作者机构： 1.农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室
关键词： 肝胰腺细小病毒(HPV);中国明对虾;基因组序列
期刊名称： 中国水产科学
ISSN： 1005-8737
年卷期： 2011 年 18 卷 01 期
页码： 59-65
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 中国明对虾肝胰腺细小病毒是一种单链、线性DNA病毒。本研究利用DNA末端加尾和嵌套PCR首次完成了对虾肝胰腺细小病毒(hepatopancreatic parvovirus,HPV)中国分离株(HPV-Pc)全基因组序列的测定,研究结果表明,HPV-Pc株(GenBank登录号GU371276)的全基因组由6 085个核苷酸组成,包含3个开放阅读框(ORF)(分别代表ns1、ns2和cp基因)和2个非编码区。ORF1、ORF2和ORF3分别编码由427、578和821个氨基酸组成的蛋白,分子量分别为50.4 kD、68.2 kD和92 kD。分析HPV-Pc基因组结构,发现该基因组没有末端反向重复序列(ITR),cp基因编码的CP区有HPV特异的"GAA"正向重复序列,及富含甘氨酸的上游和下游不同位置存在精氯酸残基,可造成蛋白裂解。不同地区、不同对虾HPV基因组有较大差异,HPV-Pc株基因组与其他已知HPV序列同源性在78%～91%之间,差异遍布整个序列中。将HPV-Pc各基因片段与已报道的其他地区HPV相应序列进行比较,结果表明,HPV-Pc各基因片段与AY008257(韩国株)同源性最高。与已知HPV代表株的NS2、NS1和CP蛋白氨基酸序列同源性比较也显示,HPV-Pc株与韩国株同源性最高。这些特征表明HPV-Pc属于细小病毒科的一个新分离株。
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