文献类型： 中文期刊

作者： 郭士伟 ¹ ; 李万昌 ² ; 彭陈 ¹ ; 袁玖辰 ¹ ; 方先文 ¹ ; 张云华 ³ ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院粮食作物研究所

2.河南师范大学生命科学学院

3.安徽农业大学生命科学学院

关键词： 稻瘟菌;P-ATPases基因;EST;GC含量

期刊名称： 生物信息学

ISSN： 1672-5565

年卷期： 2012 年 10 卷 01 期

页码： 15-19

摘要： 利用TCDB(Transporter Classification Database)网站数据库中的P-ATPases氨基酸序列对稻瘟菌全基因组表达序列(Coding Sequence,CDS)数据库进行搜索和分析,共发现23个P-ATPases基因,进化树分析表明这23个基因分属于4个家族和7个亚家族。构建了本地ESTs数据库,通过P-ATPases基因CDS序列与EST序列比对分析发现,在这些基因中有20个存在EST同源体,另外3个基因没有发现EST同源体,因此这20个基因是真实P-ATPases基因的可能性更高。运用MEME程序分析了这些P-ATPases蛋白结构域的基序,有6种基序在90%以上的基因氨基酸序列中出现,属保守基序。对这23个P-ATPases基因GC含量的分析表明,它们的平均GC含量在0.519-0.628之间,稍高于稻瘟菌整个基因组GC平均含量(0.516),同时这些基因内各区段GC含量变化不大,没有明显的梯度变化。本文结果为下一步深入研究稻瘟菌中P-ATPases基因家族的功能奠定了基础。