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基于16S rDNA分析湖北半夏内生菌群结构及代谢功能

文献类型： 中文期刊

作者： 王帆帆 1 ; 唐涛 1 ; 郭杰 1 ; 段媛媛 1 ; 郭晓亮 1 ; 游景茂 1 ;

作者机构： 1.湖北省农业科学院中药材研究所

关键词： 半夏（Pinellia ternate）;内生细菌;多样性;菌群功能

期刊名称： 湖北农业科学

ISSN： 0439-8114

年卷期： 2021 年 023 期

页码： 172-176

收录情况： 北大核心

摘要： 为探究湖北半夏（Pinellia ternate）内生细菌的多样性、丰度及菌群功能,随机采集半夏植株样品,提取内生细菌基因组DNA,通过PCR扩增获得16S rDNA V3～V4片段。采用IlluminaMiSeq高通量测序技术分析半夏植株中的内生细菌菌群结构,共获得有效序列39 537条和用于物种分类的OTU数681条,包括6门、10纲、23目、29科、45属、26种的细菌。菌落多样性分析表明,湖北半夏内生细菌在门水平上,优势菌群为Proteobacteria,科水平上,Mitochondria和Pseudomonadaceae为优势菌群。功能预测结果表明,湖北半夏内生细菌编码的大多数基因与代谢相关,其次是基因信息处理、环境信息处理。

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