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油棕转录组SSR标记开发研究

文献类型： 中文期刊

作者： 周丽霞 1 ; 肖勇 1 ; 杨耀东 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院椰子研究所/海南省热带油料作物生物学重点实验室

关键词： 油棕;转录组;SSR

期刊名称： 广东农业科学

ISSN： 1004-874X

年卷期： 2014 年 41 卷 14 期

页码： 136-138+143

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 从NCBI网站下载40 728条油棕EST,结合文献报道的油棕果肉转录组序列信息,通过聚类拼接和处理,得到全长为32 637.947 kb的无冗余序列20 054条。在这些序列中共检索出4 538个SSR,检出率为22.6%。其中以单核苷酸重复基序为主导类型,出现频率为51.2%,二核苷酸、三核苷酸重复基序的出现频率分别为20.4%和17.9%。随机挑选了400对SSR引物进行PCR多态性检测,获得29对PCR多态性引物,并随机选取11对引物进行验证,在4种不同来源的油棕样本中表现出多态性。

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[2]油棕EST序列中SSR的分布特征分析. 吴春太,陈青,刘锐,李维国. 2012

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[7]咖啡叶锈病菌转录组SSR信息分析. 吴伟怀,邹海娟,贺春萍,梁艳琼,习金根,郑肖兰,郑金龙,李锐,易克贤. 2014

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[10]基于三角梅转录组测序的SSR分子标记的开发. 赵彤,常圣鑫,冷青云,徐世松,尹俊梅,牛俊海. 2019

[11]可再生生物质战略资源——油棕在我国的引种栽培研究. 曹建华,林位夫,谢贵水,张希财,曾宪海,邹积鑫. 2009

[12]中国发展油棕概况与前景. 冯美利,曾鹏,刘立云. (Mis

[13]油棕花序性别分化过程观察. 杨静,李哲,曾宪海,林位夫,邹积鑫,潘登浪,李炜芳,刘钊,周建南,刘洁琼,张春红. 2016

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[19]12个油棕新品种大田栽培抗逆性调查初报. 曹建华,李晓波,林位夫,谢贵水,陈俊明. 2009

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