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利用转录组测序筛选与鸭青壳性状形成相关的基因

文献类型： 中文期刊

作者： 陈黎 1 ; 黄学涛 1 ; 田勇 1 ; 陶争荣 1 ; 卢立志 1 ;

作者机构： 1.浙江省农业科学院畜牧兽医研究所

关键词： 青壳;差异表达基因;血红素;胆汁

期刊名称： 农业生物技术学报

ISSN： 1674-7968

年卷期： 2016 年 24 卷 07 期

页码： 1064-1072

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 青壳性状是鸭(Anas platyrhynchos domesticus)重要的经济性状,但其遗传机制尚未揭晓。为研究鸭青壳性状形成的转录组基础,本研究通过测交法选育出基因型为纯合青壳以及纯合白壳绍兴鸭,并对两种基因型个体子宫组织进行转录组测序。本研究共获得288 008 582个高质量数据,组装出64 587个转录本,其中包括19 589个新转录本。鉴定20 302次可变剪切事件,其中外显子跳跃是最主要的可变剪切类型。表达分析发现1 768个基因在两种基因型个体间差异表达,其中包括与蛋壳主要色素物质(原卟啉、胆绿素及其螯合物)相关的基因,例如胆绿素还原酶A基因(biliverdin reductase A,BLVRA)、尿卟啉原Ⅲ合酶基因(uroporphyrinogenⅢsynthase,UROS)、血红蛋白α亚基基因(hemoglobin subunit alpha-1,HBA1)以及血红素绑定蛋白1基因(heme binding protein 1,HEBP1)等。差异基因的基因本体(Gene Ontology,GO)注释以及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析表明这些基因涉及广泛的生物功能及通路,其中与蛋壳颜色形成密切相关的有血红素代谢功能(例如,血红素绑定以及四吡咯绑定)及胆汁代谢通路(例如,胆汁酸合成通路,胆汁分泌通路)。本研究首次探索了鸭蛋壳颜色形成的转录组基础,获得了一批差异表达基因,这些基因为进一步研究鸭蛋壳颜色形成的遗传机制提供了有价值的信息。

  • 相关文献

[1]缙云麻鸭青壳系测交研究. 孙思维,陈黎,赵燕,吴春琴,孙思宇,陶争荣,卢立志. 2015

[2]"神丹2号"蛋鸭配套系的培育. 屈元启,王莹,李玲,张德江,李清逸,卢立志,曾涛. 2024

[3]基于转录组学的不同色系蝴蝶兰花色苷差异积累分析. 张加强,史小华,刘慧春,马广莹,邹清成,朱开元,周江华,毛军铭. 2018

[4]'枸头'橙针刺和枝的转录组分析. 孙立方,柯甫志,聂振朋,王平,孙建华,黄秀,徐建国. 2020

[5]鸭不同羽色毛囊组织差异表达基因转录组测序分析. 蒋兵兵,黄曼曼,白天,曾涛,陈黎,沈军达,陶争荣,周玮,刘国发,卢立志,李海英. 2020

[6]抑制消减杂交联合基因芯片技术及其在动物基因差异表达研究中的应用. 姜俊芳,宋雪梅,蒋永清. 2011

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