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马丙酮酸脱氢酶激酶4基因序列生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 陈建兴 1 ; 马芷妍 1 ; 刘永斌 2 ; 刘娟 1 ; 董彦飞 1 ; 孙玉江 3 ;

作者机构： 1.赤峰学院化学与生命科学学院

2.内蒙古自治区农牧业科学院

3.青岛农业大学动物科技学院

关键词： 肌酸激酶;生物信息学分析;二级结构;同义氨基酸密码子相对使用度

期刊名称： 畜牧与饲料科学

ISSN： 1672-5190

年卷期： 2019 年 40 卷 011 期

页码： 1-6

摘要： 通过采用生物信息学软件对马丙酮酸脱氢酶激酶4(pyruvate dehydrogenase kinase 4,PDK4)基因序列进行生物信息学的初步研究分析,从而发现该酶基因序列编码特征及其二级结构规律.结果表明:马PDK4的CDS区AUU、AUG和GAU密码子出现的次数最多(14次),分别占总413个密码子的34‰.未参与编码的密码子UGC的RSCU值最小(为0),ACA密码子的RSCU为最大值2.22,CAU、CAC、CGA、AAA、AAG 5个密码子的RSCU值为1(即未发现密码子使用偏好).马PDK4的CDS区共翻译出412个氨基酸,这些氨基酸以亮氨酸的比例最高,色氨酸的比例最低.PDK4的蛋白质二级结构以无规则卷曲为主,β 折叠和 α 螺旋为辅,构成其复杂的空间结构.马PDK4多肽链中亲水性氨基酸分布多于疏水性氨基酸,PDK4蛋白质整体疏水性较差.预测马PDK4多肽链的等电点为6.64.

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