文献类型： 中文期刊

作者： 王崇 ¹ ; 焦春海 ² ; 杨新笋 ³ ; 张文英 ¹ ; 雷剑 ³ ; 柴沙沙 ³ ; 王连军 ³ ; 田小海 ¹ ;

作者机构： 1.长江大学农学院

2.湖北省农业科学院

3.粮食作物种质创新与遗传改良湖北省重点实验室/湖北省农业科学院粮食作物研究所/湖北省甘薯工程技术研究中心

关键词： 甘薯;叶绿体基因组（cpDNA）;trnL-trnF;trnH-psbA;trnT-trnL;遗传多样性;系统发育进化树

期刊名称： 南方农业学报

ISSN：

年卷期： 2021 年 006 期

页码： 1536-1544

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】利用叶绿体基因组（cpDNA）的间隔区序列（trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL）对甘薯种质进行遗传多样性分析,为其种质保护及开发利用提供理论依据。【方法】以从我国12个省份收集的52份甘薯种质为材料,从10个cpDNA间隔区序列的引物中筛选出能扩增单一、清晰明亮且稳定的序列引物,利用其PCR扩增筛选出间隔区序列,并进行测序及序列拼接。利用DnaSP 5.0进行序列特征分析,采用MEGA X计算52份甘薯种质材料的遗传距离,并构建系统发育进化树。【结果】筛选获得7对扩增结果较理想的引物,其PCR扩增产物经测序分析,共获得3个有效标记（trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL）。三者的拼接序列长度为2239 bp,共有7个变异位点,2个单一突变位点,5个简约信息位点,11个插入/缺失位点。在52份甘薯种质材料中,trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的变异位点数量（Vs）分别为1、1和5个,单倍型数目（H）分别为2、4和5个,拼接序列的单倍型数目为10个;核苷酸多样性（π）和单倍型多样性（Hd）最高的序列分别为trnT-trnL（π=0.00052）和trnH-psbA（Hd=0.535）。trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的Tajima’s D、Fu and Li’s D*和Fu and Li’s F*均无显著差异（P>0.05）,符合中性进化模式。基于拼接序列构建的系统发育进化树显示,52份甘薯种质材料的遗传距离为0～1.1848,平均遗传距离0.1018,其分为五大类,其中第Ⅰ类～Ⅳ类仅含有少量种质,其余41份种质归为第Ⅴ类。【结论】52份甘薯种质材料的遗传变异较为丰富,但种质材料间的遗传多样性低,与cpDNA特性和甘薯遗传背景狭窄有关。基于trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL的拼接序列更能准确分析甘薯种质的遗传多样性,且有效划分不同类群,为甘薯集团育种提供候选材料。