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非优异SSR原因分析及解决方案

文献类型: 中文期刊

作者: 刘文彬 1 ; 许理文 1 ; 冯博 1 ; 易红梅 1 ; 任洁 1 ; 田红丽 1 ; 赵涵 1 ; 吕远大 1 ; 蔚荣海 1 ; 赵久然 1 ; 王凤格 1 ;

作者机构: 1.吉林农业大学农学院;北京市农林科学院玉米研究中心玉米DNA指纹及分子育种北京市重点实验室;江苏省农业科学院农业生物技术研究所

关键词: 优异SSR;非特异峰;N+1峰;测序;重新设计

期刊名称: 分子植物育种

ISSN: 1672-416X

年卷期: 2017 年 11 期

页码: 4547-4555

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: SSR标记在真实性检测、纯度鉴定、以及指纹库构建中起着至关重要的作用。在其筛选过程中会遇到许多具有N+1峰等异常峰型、非特异性峰、多态性低、不适于软件自动分析等非优异SSR引物。为了解并掌握非优异SSR引物表现以及形成原因,本研究以22份初筛材料、27套三联体材料及95份自交系对新型SSR引物进行评估筛选,从中选取有代表性的11对SSR引物,现在已对10种非优异SSR引物表现进行描述,分析形成原因,通过测序对一对引物进行重新设计,并获得较好效果。

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