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香蕉GAPDH基因家族的生物信息学及转录表达分析

文献类型： 中文期刊

作者： 史后蕊 1 ; 冯仁军 2 ; 王静毅 2 ; 柴娟 1 ; 任梦云 1 ; 卢利方 2 ; 张银东 1 ;

作者机构： 1.海南大学农学院

2.中国热带农业科学院热带生物技术研究所

关键词： 香蕉;GAPDH基因家族;生物信息学分析;表达分析

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2014 年 35 卷 06 期

页码： 1117-1123

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 从香蕉基因组数据库和NCBI数据库中检索香蕉GAPDH基因家族的所有成员,并采用生物信息学方法对其进行亚细胞定位、进化树分析和保守结构域预测。克隆测序发现,巴西蕉内的GAPDH基因家族成员序列与小果野蕉基因组数据库中提供的序列基本一致,同源性超过98%。转录表达分析表明,GAPDH基因家族成员在巴西蕉不同器官的表达模式多样:MaGAPCP1,MaGAPC6/8/10/11成组成型表达,其余的基因则在各组织器官间成差异型表达,且差异型表达的基因在不同组织器官中表达模式也不相同,组成型表达的基因在不同组织器官中表达模式虽相同,但表达量有差异。GAPDH基因家族成员在表达模式上的多样化,可能暗示其功能的多样化,这种多样化可能是在进化过程中为适应环境而出现的功能分化或冗余。结果为进一步研究GAPDH基因家族成员在香蕉生长、发育,非生物胁迫,果实后熟等重要生物学过程中的功能奠定基础。

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