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利用SNP标记分析淳安花猪群体遗传多样性和群体结构

文献类型： 中文期刊

作者： 戴丽荷 1 ; 褚晓红 1 ; 陈晓宇 1 ; 杨娜娜 1 ; 黄孙平 1 ; 徐如海 1 ;

作者机构： 1.浙江省农业科学院畜牧兽医研究所/浙江省畜禽遗传育种工程技术研究中心

关键词： SNP芯片;淳安花猪;遗传多样性;群体结构;家系

期刊名称： 养猪

ISSN： 1002-1957

年卷期： 2021 年 006 期

页码： 59-64

摘要： 利用Illumina CAUPorcine 50K SNP芯片检测54头淳安花猪的单核苷酸多态性（SNP）,分析群体遗传多样性和群体结构。结果显示,共检测到44 739个SNP位点,个体的平均基因型检出率为98.49%;通过质控的SNP位点有32 713个,其中54.3%具有多态性;平均有效等位基因数为1.355,平均多态信息含量为0.193,最小等位基因频率平均为0.143;平均观察杂合度为0.254,平均期望杂合度为0.257;平均IBS（状态同源）遗传距离为0.212 9,其中公猪为0.233 9;ROH（基因组长度纯合片段）共有2 646个,65%的长度在400～700 Mb之间,平均近交系数为0.199;54头淳安花猪可划分为6个家系,各家系的个体数量差异明显。综上所述,淳安花猪保种群体的杂合度低,近交程度高,家系少,各家系的个体数量差异大,容易引起遗传多样性的丢失。在后续保种过程中,应根据划分的家系进行选种选配或引入血统,以确保淳安花猪遗传资源的长期保护。

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