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侵染贵州火龙果的蟹爪兰X病毒和火龙果X病毒基因组序列差异和遗传变异

文献类型： 中文期刊

作者： 郑乾明 1 ; 王小柯 1 ; 马玉华 1 ;

作者机构： 1.贵州省农业科学院果树科学研究所

关键词： 马铃薯X病毒属;氨基酸序列;序列一致性;遗传分化

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2022 年 35 卷 005 期

页码： 1173-1177

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]分离侵染贵州火龙果的蟹爪兰X病毒(Zygocactus virus X,ZyVX)和火龙果X病毒(Pitaya virus X,PiVX)基因组序列,探讨其序列差异和遗传变异.[方法]利用RT-PCR筛选含有ZyVX和PiVX的火龙果样品,然后通过RNA-seq获得ZyVX和PiVX基因组相关序列,进行序列组装、一致性比较、基因重组和系统进化分析.[结果]获得4条ZyVX贵州分离物和3条PiVX贵州分离物基因组近全长序列,长度分别为6570~6600和6649~6657 bp,分别覆盖参考基因组序列的99.2%~99.6%和99.3%~99.8%.4条ZyVX贵州分离物之间的基因组序列一致性为96.7%~99.5%,与其他已报道分离物的序列一致性为91.4%~96.9%,其ORF编码的氨基酸序列一致性为93.8%~100%.3条PiVX贵州分离物之间基因组序列一致性为98.2%~98.5%,与其他已报道分离物序列一致性为98.0%~99.1%,其ORF编码的氨基酸序列一致性为97.8%~100%.ZyVX和PiVX贵州分离物基因重组分析表明未发现明显的重组事件,系统进化分析表明未发生明显的遗传分化.[结论]当前贵州ZyVX和PiVX群体的基因组序列一致性高,其变异均为单核苷酸变异,未发生基因重组和遗传分化.

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