文献类型： 中文期刊
作者： 王长彪 1 ; 郭旺珍 2 ; 张天真 2 ; 李燕娥 2 ; 刘惠民 2 ;
作者机构： 1.南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室
2.南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室;山西省农业科学院棉花研究所;山西省农业科学研究院
关键词： 简单序列重复;表达序列标签;发掘;软件
期刊名称： 棉花学报
ISSN： 1002-7807
年卷期： 2009 年 21 卷 03 期
页码： 85-89
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 为从大量的序列中快速发掘和利用简单序列重复(微卫星,SSRs),开发了一个软件工具——AutoSSR。该软件能够从一个包括大量FASTA格式的序列文件中发掘SSR,并分析不同SSRs类型的分布状况。与已开发的类似软件相比,该软件可以不受序列数量和不同系统平台的限制,高效、快速完成SSR信息的搜索和分析。利用该软件对GenBank上释放的来源于棉花、苹果和水稻的DNA序列进行了SSR发掘,得到了36000个SSRs。其中,对来源于棉花的SSRs信息,进一步利用Primer 3软件开发了位点特异性引物,为棉花基因组分析奠定了基础。
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[1]尖镰孢EST-SSR信息分析及分子标记建立. 李新凤,张作刚,王建明,高俊明,田宏先. 2014
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