文献类型： 中文期刊
作者： 杨光 1 ; 孙兰英 1 ; 李鹏举 1 ; 段亚东 1 ;
作者机构： 1.黑龙江省农业科学院浆果研究所
关键词： 树莓;SLAF-seq;高通量测序;分子标记;SNP位点
期刊名称： 中国农学通报
ISSN： 1000-6850
年卷期： 2018 年 36 期
页码： 58-64
摘要： 为分析树莓群体的遗传进化关系,开发特异性SNP标记。选用23个栽培种树莓以用SLAF-seq技术测序,从树莓全基因组范围开发SNP位点,以黑树莓基因组为参考基因组,通过生物信息学分析进行电子酶切预测,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-seq文库。通过高通量测序的方式获得海量序列标签,利用软件分析比对,获得多态性SLAF标签,进而开发大量特异性SNP位点。对照水稻的测序数据与参考基因组比对结果,双端比对效率为95.60%,酶切效率为93.52%,说明SLAF建库正常。通过测序共产生59.93 Mb的读长数据,测序质量值Q30平均为95.07%,所有样品GC含量均值为39.16%,GC含量普遍不高,说明达到测序要求。本研究共获得425402个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签共有121610个。获得749811个有效单核苷酸多态(SNP),利用这些SNP分析了23个树莓种质的群体结构与系统发生树。利用简化基因组测序技术SLAF-seq可以高效地、低成本地开发出大量的可用于群体遗传结构分析的SNP标记。
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