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日本沼虾ITS1序列分析及SNPs位点的筛选

文献类型： 中文期刊

作者： 张洪伟 1 ; 傅洪拓 1 ; 吴滟 2 ; 龚永生 2 ; 王庆 1 ; 夏德全 1 ;

作者机构： 1.南京农业大学无锡渔业学院

2.中国水产科学研究院淡水渔业研究中心

关键词： 日本沼虾;rDNA;内转录间隔区;ITS;单核苷酸多态性;SNP

期刊名称： 水生生物学报

ISSN： 1000-3207

年卷期： 2010 年 34 卷 01 期

页码： 72-77

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 研究采用直接测序法,分析日本沼虾(Macrobrachium nipponense)rDNA基因内转录间隔区ITS1的DNA序列,以筛选日本沼虾SNPs位点。共分析了32个太湖水域野生日本沼虾样本,结果表明,日本沼虾ITS1序列平均长度为1749.8bp,是迄今已报道的最长的ITS1序列,A、G、T和C的平均含量分别为29.9%、28.3%、27.7%、14.0%,G+C的含量平均为42.3%。通过序列比对,共筛选出22个SNPs位点,SNPs位点出现频率为0.0126,其中9个为C/T转换(占40.91%),4个为A/G转换(占18.18%),2个为A/T颠换(占9.09%),5个为T/G颠换(占22.73%),1个为A/C颠换(占4.55%),1个A/T或C颠换(占4.55%)。日本沼虾ITS1序列的22个SNP位点中,21个位点为2个等位基因,1个位点出现了3个等位基因,为复等位基因位点。日本沼虾ITS1序列中还发现3个具有多态性的微卫星位点、1个高度变异区以及大量的缺失、插入。研究首次对日本沼虾ITS1序列进行了分析,并发现了大量的SNP位点,为日本沼虾遗传育种研究提供了新的分子标记。

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