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家蚕茧层率相关基因筛选及其功能分析

文献类型： 中文期刊

作者： 任晓晓 1 ; 孙运朋 1 ; 卿卓 1 ; 杨万军 1 ; 罗朝斌 1 ;

作者机构： 1.贵州省农业科学院蚕业研究所

关键词： 家蚕;茧层率;BSA-seq;基因注释

期刊名称： 福建农业学报

ISSN： 1008-0384

年卷期： 2022 年 37 卷 007 期

页码： 841-849

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]挖掘家蚕茧层率相关基因,以期为家蚕茧层率性状分子遗传改良提供参考依据.[方法]以多丝量家蚕品种菁松和中丝量家蚕品种芙蓉为亲本构建BC1代分离群体.在BC1代雄性群体中挑选极端高/低茧层率个体构建子代DNA混池,运用BSA-seq方法对茧层率关联区域进行定位,并运用BLAST软件对关联区域的编码基因进行GO和KEGG等数据库注释及功能预测.[结果]重测序数据与家蚕参考基因组平均比对率为98.86%,平均基因组覆盖度为95.79%(1×)和88.63%(5×);变异检测共获得26 557 646个SNPs;?(SNP-index)定位到3个与茧层率显著相关的区域,分别为Chr.2:4 430~4 930 kb、Chr.4:12 350~12 920 kb和Chr.13:3 230~3 730 kb,共包含70个编码基因.通过GO与KEGG注释,有58个基因注释到GO数据库,涉及生物过程、分子功能和细胞组分三大类;有19个基因注释到KEGG通路,分布于34个代谢通路中.通过KEGG代谢通路分析,筛选出10个可能对家蚕茧层率有重要调控作用的基因,推测其参与了家蚕丝腺细胞运动、能量代谢和蛋白质合成加工.[结论]运用BSA-seq方法在家蚕第2、4和13号染色体上定位到与茧层率关联的区域,筛选到10个可能与茧层率密切相关的候选基因,为茧层率关键调控基因精细定位及克隆奠定基础.

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