文献类型： 中文期刊

作者： 赵紫霞 ¹ ; 许建 ¹ ; 白庆利 ¹ ; 杨世勇 ¹ ; 蒋立坤 ¹ ; 陈葆华 ¹ ; Palti Yniv ¹ ; Gao Guangtu ¹ ; 徐鹏 ¹ ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院农业部水生动物基因组学重点实验室渔业生物技术北京市重点实验室;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所;四川农业大学动物科技学院;National Center for Cool and Cold Water Aquaculture ARS-USDA;厦门大学海洋与地球学院福建省海洋生物资源开发利用协同创新中心

关键词： 虹鳟;SNP芯片;遗传多态性;群体结构

期刊名称： 中国水产科学

ISSN： 1005-8737

年卷期： 2018 年 03 期

页码： 485-493

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究旨在对国内虹鳟(Oncorhynchus mykiss)代表性养殖群体开展全基因组水平的遗传评估。利用57K单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,检测了来自不同地域的6个虹鳟养殖群体样本共计48尾,包括黑龙江虹鳟、黑龙江金鳟、四川虹鳟、四川金鳟、北京虹鳟和北京金鳟,共获得有效SNP位点50201个,在中国虹鳟中的多态比例达到97.7%,表明该芯片虽然基于美国和挪威虹鳟群体设计,但对中国群体同样具有良好的适用性。各群体最小等位基因频率均值为0.240~0.267,与国外主流养殖群体相近,黑龙江虹鳟、四川虹鳟和北京虹鳟群体内遗传多样性丰富,多态位点比例为83.6%~84.9%,与国外主流养殖群体相近,而黑龙江金鳟、四川金鳟和北京金鳟,多态位点比例相对较低,在60.2%~76.9%范围内。应用6个中国虹鳟群体和2个美国虹鳟群体数据开展系统发育分析、主成分分析和群体遗传结构STRUCTURE分析,结果显示8个群体可分为3个祖源类群,其中3个金鳟群体为遗传联系较紧密的一个类群,黑龙江虹鳟和北京虹鳟为一个类群,而四川虹鳟与2个美国虹鳟群体为一个类群,部分中国养殖群体中有显著离群个体存在,表明群体遗传背景不均一。本研究表明,高密度SNP芯片在我国虹鳟养殖群体遗传分析中具有广泛的应用前景,能够为种质资源评估、本土化良种培育、制种和引种工作提供基因组水平的参考信息。