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民猪和大白猪背最长肌差异基因的筛选与注释

文献类型： 会议论文

第一作者： Zhang Dong-jie

作者： Zhang Dong-jie 1 ; 张冬杰 2 ; Liu Di 1 ; 刘娣 2 ; Wang Liang 3 ;

作者机构： 1.Institute of Animal Husbandry,Heilongjiang Academy of Agricultural Science Harbin 150086,China

2.黑龙江省农业科学院畜牧研究所 哈尔滨 150086

3.Institut

关键词： 民猪;大白猪;背最长肌;差异表达基因

会议名称： 第六届中国畜牧科技论坛

主办单位： 中国农学会;中国畜牧兽医学会

页码： 351-361

摘要： 目的:高通量测序技术的出现,为人类全面研究基因功能提供了有力的工具.为了筛选民猪和大白猪背最长肌中的差异表达基因.方法:本研究采用高通量测序技术,构建了民猪(脂肪型)和大白猪(瘦肉型)背最长肌组织的数字基因表达谱,对差异表达的数字基因进行了筛选与注释,并进行了GO和通路的功能显著性富集分析.结果:结果表明,民猪和大白猪分别获得5,000,000多条可用的标签数据(clean tag),其中拷贝数大于100的标签所占比例最高,分别为88.62％和84.62％;完全比对到正义链上,且1个标签仅比对到1个基因的分别为2,351,788条和2,388,175条.以大白猪为对照组,民猪与之相比,差异倍数在2倍以上的共有1,098个基因,其中44个上调表达,1,054个下调表达,有11个基因只在民猪中表达,256个基因只在大白猪中表达,差异表达基因中包括多个与肌内脂肪含量、脂类代谢、肉色、嫩度和肌肉生长发育相关的基因或转录子.民猪和大白猪分别预测到了23,853个和34,731个定位在猪基因组不同位臵的新转录本,其中包含存在1个碱基错配的标签.民猪和大白猪之间的差异基因在细胞所处位臵方面显著富集的条目有细胞质、膜旁细胞器、色素粒、水解性液泡、部分细胞内等共计18个;在基因分子功能方面显著富集的条目有蛋白结合和氧化还原酶活性2个;在参与的生物过程方面显著富集的条目有对压力的应答、对活性氧的应答和羧酸代谢过程等14个.显著富集的通路共计11个,按照P值从小到大的顺序,溶酶体、PPAR信号通路和胆汁酸合成通路为差异最显著的3个通路.结论:本研究结果可为今后挖掘新基因、研究影响猪肉品质的遗传因素等提供理论依据.

分类号： S828.2

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