科研产出
传染性胰脏坏死病毒敏感细胞系比较及其在CHSE-214细胞上的增殖特性
《水产学杂志 》 2022 北大核心
摘要：大鳞大麻哈鱼胚胎细胞(Chinook salmon embryo cells,CHSE-214)和虹鳟性腺细胞(Rainbow trout gonad cells,RTG-2)是传染性胰脏坏死病毒(Infectious pancreatic necrosis virus,IPNV)检测的国家标准所推荐使用的鲑鳟鱼源细胞系.本研究选用24株IPNV毒株,以1 000倍半数组织培养物死亡剂量(50%tissue culture infective dose,TCID50)分别接种于CHSE-214和RTG-2细胞,以细胞病变情况比较这两种细胞对IPNV的敏感性.将IPNV以10 TCID50和 100 TCID50接种在筛选出的最敏感细胞系上,每天观察细胞的病变及变化,收获病毒培养物.利用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)及病毒滴度测定法分析IPNV在敏感细胞上的增殖状况.结果显示,接毒后7 d时,全部毒株均能在CHSE-214细胞上增殖,并导致细胞病变,而仅有8株IPNV能在RTG-2细胞上增殖,导致细胞病变,表明CHSE-214细胞对IPNV的敏感性高于RTG-2细胞.利用RT-qPCR和TCID50法分析IPNV在CHSE-214上的增殖情况发现,随着接毒时间的增加,病毒量整体呈现先升高后降低的趋势,接毒后3 d时达到最大值.该增殖趋势均出现在不同接毒剂量组,除接毒后1 d时,其余各时间点10 TCID50剂量组的病毒量均显著高于100 TCID50剂量组(P<0.05).本研究结果表明,CHSE-214细胞比RTG-2更适合用于IPNV的体外分离培养,且在多数细胞出现典型细胞病变而尚未完全脱落时病毒含量最高,此时适合收集病毒培养物进行病毒检测.本研究可为IPNV的检测提供科学指导.
关键词： 虹鳟;传染性胰脏坏死病毒;大鳞大麻哈鱼胚胎细胞;虹鳟性腺细胞;病毒载量
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艾氏蛇鳗线粒体基因组全序列结构分析和系统发育关系探讨
《中国水产科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：本研究采用高通量测序技术获得了艾氏蛇鳗（Ophichthusevermanni）线粒体基因组全序列,并对其结构和特征进行了分析。结果表明,艾氏蛇鳗线粒体基因组全长17759bp,包含了13个蛋白编码基因（PCGs）、22个转运RNA基因（tRNA）、2个核糖体RNA基因（rRNA）、2个控制区（D-loop）和1个轻链复制起始区（OL）。线粒体DNA全序列的碱基组成分别为A （31.27%）、G （16.19%）、C （26.22%）和T （26.32%）,其中A+T含量（57.59%）大于G+C含量（42.41%）,呈现出明显的A+T偏好性。与大多数硬骨鱼类不同,艾氏蛇鳗线粒体基因组中发生了基因重排现象,ND6基因和tRNA-Glu移到了tRNA-Thr和tRNA-Pro之间,且ND6基因上游还存在另一个高度同源的D-loop区。tRNA-Gln （Q）、tRNA-Ala （A）、tRNA-Asn （N）、tRNA-Cys （C）、tRNA-Tyr （Y）、tRNA-SerUCA（S1）、tRNA-Glu （E）、tRNA-Pro （P）和ND6 9个基因位于L链,其余基因均位于H链。除tRNA-Ser （AGC）外,其余21个tRNA均为典型的三叶草二级结构。分别采用邻接法和最大似然法,基于12个蛋白编码基因（ND6除外）构建了蛇鳗科鱼类系统发育关系树。结果显示艾氏蛇鳗与短尾蛇鳗（O.brevicaudatus）和食蟹豆齿蛇鳗（Pisodonophiscancrivorus）的亲缘关系较近,蛇鳗属是蛇鳗科鱼类中分化较晚的一个类群。研究结果丰富了蛇鳗科鱼类线粒体基因组数据库,也为该类群鱼类的系统分类研究提供了参考资料。
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罗氏沼虾成虾中氨基脲的分布特征
《渔业科学进展 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：从未使用呋喃西林的罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)养殖场采集商品规格虾样品,分离壳、肌肉、肌肉表皮层、内脏和复眼等组织测定氨基脲(semicarbazide,SEM),探究其在商品规格罗氏沼虾不同组织中的本底含量,为质量安全监管提供技术支撑.结果显示,罗氏沼虾各组织中SEM平均含量为(12.90±2.47)μg/kg,其中,外骨骼(复眼、外壳和肢足)中的平均含量分别为(33.29±3.06)、(29.00±5.67)和(28.10±7.08)μg/kg,占总量的 77.9%.肌肉中 SEM含量最低,平均值为(1.83±0.24)μg/kg.不同组织中SEM含量从高到低依次为复眼>外壳>肢足>肠>鳃>肌肉表皮层>肝>生殖腺>肌肉.鉴于目前的技术手段还难以区分罗氏沼虾体内SEM的来源是内源性还是外源性,因此,建议监管部门在开展罗氏沼虾中呋喃西林残留量的监控时,考虑减去SEM的本底含量,以避免误判情形的发生.
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日本囊对虾核因子κB抑制蛋白激酶ε2基因克隆及表达
《广东海洋大学学报 》 2022 北大核心
摘要：[目的]了解核因子κB抑制蛋白激酶ε2(IKKε2)基因在日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)受细菌刺激后的应答情况,以阐释IKKε2在对虾先天免疫中所起的作用.[方法]从日本囊对虾转录组数据中获得日本囊对虾IKKε2(命名为PjIKKε2)的cDNA序列,并进行生物信息学分析,采用荧光定量PCR分析PjIKKε2的组织表达以及受哈维弧菌(Vibrio harveyi)刺激后在肝胰腺组织的表达情况.[结果]PjIKKε2全长为4009 bp,其中开放阅读框长2337 bp,编码778个氨基酸,5′UTR(Untranslated region)174 bp,3′UTR 1498 bp.PjIKKε蛋白含有一个激酶结构域、一个类泛素结构域和一个TANK结合激酶卷曲螺旋结构域.多重序列比对结果显示,PjIKKε2蛋白序列与其他甲壳类IKKε的相似性高,在激酶结构域保守性高.系统进化树结果显示,PjIKKε2与其他对虾属的IKKε聚集在一支.PjIKKε2在日本囊对虾9个组织中均有表达,在淋巴组织中表达量最高(P<0.05).在哈维弧菌刺激6 h后,PjIKKε2在肝胰腺中表达量显著上调,达到最大值(P<0.05).[结论]PjIKKε2参与了日本囊对虾的先天免疫.
关键词： 日本囊对虾;核因子κB抑制蛋白激酶ε2;基因表达;先天免疫
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区域科研竞争力评价研究-基于我国五大国家级城市群2010-2019年的数据
《科技管理研究 》 2022 北大核心 CSSCI
摘要：以"十四五"规划中位列优化提升范畴的京津冀、长三角、珠三角、成渝和长江中游五大国家级城市群为研究对象,构建区域科研竞争力评价指标体系,并运用熵权法结合TOPSIS模型对各城市群及其区域内各省份的科研竞争力展开实证研究.研究结果表明,东中西部城市群科研竞争力水平差距显著,呈现为珠三角>京津冀>长三角>长江中游>成渝的格局;各城市群的中心城市成为区域创新的重要增长极;区域内的发展不平衡问题十分突出,其中京津冀城市群区域内各省份的科研竞争力差异最为显著;长江中游、成渝城市群二者科研竞争力评价表现虽居五大城市群的下游,但其区域内各省份科研竞争力整体实力较为均衡.
关键词： 城市群 科研竞争力 科技评价 国家级城市群 区域发展
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基于simc1基因筛选3种尖塘鳢特异性SNP标记
《基因组学与应用生物学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为了开发云斑尖塘鳢、线纹尖塘鳢及其杂交尖塘鳢种间特异性分子标记,选择泛素化相互作用基序包含蛋白1(sumo?interacting motif?containing protein 1,simc1)基因作为候选基因.利用该基因mRNA序列设计引物对P 1针对3种尖塘鳢基因组进行扩增,均扩增到893 bp的外显子序列.该序列在3种尖塘鳢种内个体间均未获得单核苷酸多态性(singe nucleotide polymorphisms,SNP)位点,但种间共存在21个SNP位点,其中有7个同义突变,14个错义突变.选择较容易设计引物的SNP15位点设计等位基因特异性PCR(allele specific PCR,AS?PCR)引物对P2和P3.利用这两对引物针对待测样品基因组进行扩增,若P2扩增出222 bp条带,而P 3无扩增条带,则样品为线纹尖塘鳢;若P 2无扩增条带,而P 3扩增出566 bp条带,则为云斑尖塘鳢;若P 2和P 3同时扩增出222 bp和566 bp条带,则为杂交尖塘鳢.通过对模板进行梯度稀释,检测P2和P3引物对灵敏度,结果表明,P2引物对检测的基因组最低浓度为5×10-4mg/L,P3引物对检测的基因组最低浓度为5×10-2 mg/L.3种尖塘鳢特异性SNP标记的开发及快速检测方法的建立,可为尖塘鳢种质资源鉴定及新品种培育等工作提供技术支撑.
关键词： 云斑尖塘鳢 线纹尖塘鳢 泛素化相互作用基序包含蛋白1 单核苷酸多态性 等位基因特异性PCR
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完整稳性对远洋围网渔船船型设计的影响
《船舶工程 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为研究完整稳性衡准对某新型远洋围网渔船船型设计的影响,提高远洋围网渔船方案设计初期的决策效率,以20 m、30 m、40 m级等3条同类型不同尺度范围的远洋围网渔船为样本库,利用NAPA软件进行船型仿射变换生成系列新船型,并对新船型进行完整稳性校核计算,分析船长、型宽型深比、立方数和鱼舱容积系数等船型参数的变化对船舶完整稳性的影响趋势.建立以完整稳性衡准限值要求为约束条件的新型远洋围网渔船船型要素数学模型,通过计算实例验证了回归模型的可行性和有效性,形成了新型远洋围网渔船方案设计初期快捷有效的决策方法,为远洋渔船船型设计研发和渔船安全理论的研究提供有效技术支撑.
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基于UPLC-QTOF MS的鱼类鳃靶器官代谢组学分析方法研究
《分析测试学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：针对鱼类鳃靶器官代谢组学研究缺乏准确高效的高通量检测技术的问题,建立了基于超高效液相色谱-飞行时间质谱联用技术(UPLC-QTOF MS)的分析方法.以图谱总峰面积、代谢物数目、相对峰面积的相对标准偏差(RSD)以及葡萄糖、L-亮氨酸、柠檬酸等6种代表性内源代谢物的响应值为指标,考察了不同实验条件对鳃组织中代谢物提取覆盖率、稳定性的影响.结果表明,采用加入样品-试剂比(mg:μL)为1:16的预冷甲醇-水(4:1)低温研磨,并在-20℃下低温静置30 min后离心提取的方法时,鳃组织样本可获得最佳的提取效果.对数据采集过程中的色谱、质谱参数进行优化,进一步提高了代谢物的分离效果和信号强度,并利用质量控制(QC)样品进行了方法学考察.该方法具有较好的仪器精密度、方法精密度和样品稳定性,6种不同极性代表性代谢物的相对峰面积RSD均小于10%,可以满足鱼类鳃靶器官代谢组学研究的要求.研究结果为鱼类鳃靶器官的代谢组学研究提供了技术支撑.
关键词： 代谢组学 样品前处理 鱼类 鳃 超高效液相色谱-飞行时间质谱
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南海北部沿岸鱼类分类学多样性的空间格局
《南方水产科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：鱼类分类学多样性是鱼类多样性保护和群落稳定性分析的基础。采用2014—2017年在南海北部沿岸7处海域的渔业资源监测数据和相关文献资料，运用分类学多样性指数、分类学相异性指数和聚类分析等方法研究了鱼类的种类组成和分类学多样性的空间格局。结果表明：1) 7处海域共出现鱼类1 105种，以珠江口最多（958种），南澳岛最少（94种）；2)研究海域可划分为2个类群：类群Ⅰ为雷州湾、珠江口、大亚湾，分类学多样性水平高；类群Ⅱ为陵水湾、南澳岛、海陵湾和防城港，多样性较低；3)总体平均分类差异指数（Average taxonomic distinctness index,△+）变化幅度较小（54.3～61.04），随纬度的增加而变大，但趋势不明显；4)陵水湾、海陵湾和防城港的△+均落在漏斗外。综上，在较大尺度上，研究海域鱼类物种热带-亚热带特征明显，△+总体呈渤海>黄海>东海>南海的趋势；陵水湾、海陵湾和防城港有生境退化的迹象，因此定期进行渔业监测研究十分必要。
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