"江鳕基因组资源开发与利用研究"取得新进展

宋聃; 《水产科技情报 》 2022 北大核心

摘要：江鳕（Lota lota）是鳕科唯一的淡水品种，广泛分布在北纬45°以北的欧亚和北美的内陆水域或海湾，在中国仅分布于黑龙江水系及鸭绿江上游和新疆的额尔齐斯河，是高寒水域珍稀的经济鱼类。近期，黑龙江水产研究所在“江鳕基因组资源开发与利用研究”中取得重要进展，相关研究成果《ChromosomeLevel Genome Assembly of the Burbot （Lota lota） Using Nanopore and Hi-C Technologies》发表于中科院JCR 2区期刊Frontiers in Genetics（IF=4.599）。

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红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)耐低温相关微卫星标记的初步筛选

袁晨浩; 刘志峰; 马爱军; 《海洋科学 》 2022 北大核心 CSCD

摘要：采用微卫星结合混合群体分离分析法技术(SSR-BSA)对红鳍东方鲀群体进行耐低温相关微卫星标记的筛选.首先对300尾红鳍东方鲀幼鱼进行低温处理,分别获得34尾耐低温(S组)和不耐低温个体(D组).分别在两组中随机挑选15尾提取基因组DNA,构建耐低温和不耐低温DNA混池,然后用148对微卫星引物对其进行扫描.结果发现4个标记(fms45、fms82、fms100和fms182)在耐低温和不耐低温DNA混池中扩增出差异条带.用S组和D组全部个体对4个标记进行单个体验证,结果显示由fms100扩增,携带有116 bp条带的个体在S组和D组的出现频率分别是53%和18%,132 bp条带的出现频率分别是59%(S组)、24%(D组);由fms182扩增,携带有125 bp的个体在S组和D组出现的频率分别是12%和35%,经卡方检验P值均小于0.05,差异显著.本文关于红鳍东方鲀耐低温分子标记的报道,为研究红鳍东方鲀耐低温的遗传基础以及相关分子机制提供了依据,鲀也为开展红鳍东方耐低温分子标记辅助选育提供了良好的基础.

关键词： 红鳍东方鲀;耐低温;微卫星标记;SSR-BSA

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红腹海参消化道指标、组织学和酶活性的季节变化

谭春明; 赵旺; 马振华; 于刚; 《南方水产科学 》 2022 北大核心 CSCD

摘要：为揭示热带海参环境适应调节机制,为其人工增养殖提供科学依据,探究了红腹海参(Holothuriaedulis)摄食和生理状况随时间的变化,对不同季节海参的消化道指标、组织学和酶活性变化进行了跟踪监测.结果表明,春、夏季红腹海参的摄食比较旺盛,冬季出现了与刺参(Stichopus japonicus)夏眠相似的特性——体质量下降,消化道组织萎缩、细胞凋亡而出现大量空腔,横行皱襞厚度降低、肠壁结构中的柱状上皮密集程度下降.消化道的消化酶和免疫酶分别在3和6月活性最高,而在12月各项酶(除调节代谢的碱性磷酸酶外)活性则均处于低值,因此判断红腹海参具有冬眠现象.

关键词： 红腹海参 休眠 组织学 消化酶 免疫酶

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罗非鱼多聚免疫球蛋白受体的生物学特性及对罗非鱼湖病毒增殖的影响

李波; 郑树城; 曾伟伟; 王庆; 李莹莹; 尹纪元; 王雅慧; 吕月凤; 石存斌; 赵志英; 姜志勇; 王英英; 《淡水渔业 》 2022 北大核心 CSCD

摘要：罗非鱼湖病毒TiLV是一种新发RNA病毒,对罗非鱼养殖业造成巨大威胁.为明确罗非鱼(Oreochromisniloticus)多聚免疫球蛋白受体基因(OnpIgR)的序列和结构特征及其对TiLV增殖的影响,本研究首先对PCR扩增获得的OnpIgR完整的ORF,进行了结构域预测、三维结构预测以及遗传进化树分析,然后采用荧光定量PCR方法分析了罗非鱼感染TiLV后该基因在各组织的表达模式,最后构建了OnpIgR过表达质粒,初步研究了OnpIgR对TiLV增殖的影响.结果表明,PCR扩增获得了完整的OnpIgR ORF序列,长度为1023 bp,该ORF序列具有一个信号肽,两个Ig样结构域,同源建模结果显示,pIgR蛋白整体呈扭曲的"L"型,主要由反平行β片层和无规卷曲组成;系统发育树显示OnpIgR与大口黑鲈(Micropterus salmoides)以及斜带石斑鱼(Epinephelu coioides)的pIgR聚为一支;感染TiLV后,罗非鱼皮肤、脾脏以及肾脏中pIgR均呈现先上升后下降的趋势;成功构建了pEGFP-OnpIgR并在TiB细胞中过表达OnpIgR后感染TiLV,发现TiLV的S8和S10节段mRNA相对表达量显著增多,TiLV拷贝数也显著增多,初步表明OnpIgR对TiLV的增殖具有促进作用.

关键词： 罗非鱼湖病毒 黏膜免疫 多聚免疫球蛋白受体 过表达

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不同密度稻-鲤-罗非鱼综合种养系统的鱼类生理生化及稻田环境特征

衣萌萌; 莫洁琳; 莫航; 王淼; 翟婉婷; 王贺; 刘志刚; 高风英; 曹建萌; 可小丽; 卢迈新; 《农业生物技术学报 》 2022 北大核心 CSCD

摘要：稻渔综合种养是一种具有良好经济效益和生态效益的生产模式,但是在养殖产量方面需要技术改进与革新.本研究在稻渔综合种养"三江模式"的基础上,混养金边鲤(Cyprinus carpio var.Jinbian)和吉富罗非鱼(Oreochromis niloticus,GIFT strain),并且提高养殖密度,探讨提高养殖密度和增加养殖品种对三江地区稻渔综合种养经济和生态效益的影响.经过为期145 d的实验发现,高密度混养组(IDh)鲤鱼的增重率和特定生长率显著高于低密度混养组(IDl)和鲤鱼单养组(SD),分别达到了415.3%和1.2;IDh组罗非鱼的增重率显著高于IDl组,达到4918.0%(P<0.05).养殖密度和混合养殖对养殖鱼类的消化道淀粉酶和脂肪酶活性,以及肝脏过氧化氢酶活性产生了影响,具体表现在:IDl组鲤鱼消化道淀粉酶活性显著高于IDh组和SD组,IDh组鲤鱼消化道脂肪酶活性显著高于其他两组(P<0.05);而IDh组鲤鱼肝脏过氧化酶活显著低于IDl组和SD组(P<0.05);IDh组罗非鱼消化道淀粉酶和脂肪酶活性显著高于IDl组(P<0.05).鱼类混养和不同的养殖密度同样影响了稻田及鱼坑的水质环境.稻田中SD组氨氮(ammonia-nitrogen,NH4-N),IDl组硝酸盐(nitrate-nitrogen,NO3-N)和亚硝酸盐(nitrite-nitrogen,NO2-N),IDh组总氮(total nitrogen,TN),总磷(total phosphorus,TP),化学需氧量(chemical oxygen demand,CODCr)和有机质(organic matter,OM)降低幅度最大;在鱼坑中,SD组NH4-N,NO3-N和NO2-N,IDh组TN,CODCr和OM,IDl组TP降低幅度最大.综上所述,本研究在稻渔综合种养中采用的养殖密度或者混养罗非鱼并未对养殖产量、稻田和鱼坑水质造成负面影响,而是在一定程度加快了营养物质循环,提高了养殖效益.可以在本研究基础上进一步提高稻渔综合种养的鱼类养殖密度,以期提高生产效益.

关键词： 稻渔综合种养 养殖密度 鲤鱼 罗非鱼

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哈维弧菌flhF和CU052＿26825缺失株的构建及其生物学特性

邓益琴; 张亚秋; 林梓阳; 冯娟; 程长洪; 马红玲; 刘广鑫; 苏友禄; 《广东海洋大学学报 》 2022 北大核心

摘要：【目的】研究哈维弧菌（Vibrioharveyi）345的GTP结合蛋白编码基因flhF和未知功能基因CU052＿26825的生物学功能。【方法】利用同源重组技术构建V. harveyi 345的flhF和CU052＿26825的缺失突变株，比较野生株和突变株的生长、运动性、胞外酶活性、耐药性等生物学特性以及对花鲈（Lateolabraxjaponicus）的毒性。【结果】基因flhF和CU052＿26825的缺失均不影响菌株的生长、运动性、胞外蛋白酶活性、对H2O2和Cu2+的压力感应、对铁的吸收利用、对大多数被测抗生素的抗性以及对花鲈的毒性；但flhF和CU052＿26825缺失后对氯霉素和氟苯尼考两种氯霉素类抗生素均更加敏感。此外，flhF缺失后，细菌生物膜形成能力显著增强。【结论】flhF和CU052＿26825均参与调控哈维弧菌对氯霉素类抗生素的耐药性，flhF还参与调控哈维弧菌生物膜形成。

关键词： 哈维弧菌 基因敲除 flhF CU052＿26825 生物学特性 氯霉素类耐药性

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患铁虾综合征罗氏沼虾眼柄转录组研究

王国浩; 董宣; 王一婷; 郭晓萌; 王德浩; 孟凡增; 黄倢; 《渔业科学进展 》 2022 北大核心 CSCD

摘要：为探索罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)铁虾综合征(IPS)的分子机制,采用高通量测序平台(Illumina Hiseq-2500)分别对患IPS罗氏沼虾(IPS虾)和正常罗氏沼虾开展转录组测序,进行生物信息学分析.结果显示,高通量测序共获得56.42 G高质量数据,拼接后得到221 901条单基因序列(unigene),长度范围为201~30 985 bp,平均长度为1572 bp,N50长度为2867 bp,N90长度为646 bp.将单基因序列分别在Nr、Nt、Swissprot、KEGG、KOG、GO、PFAM数据库进行序列比对及功能注释,103 570条得到注释,其中,GO数据库注释到的单基因序列最多.差异表达分析显示,2003个基因在IPS虾眼柄中差异表达,包括1209个上调基因和794个下调基因,516个基因被注释到242条KEGG通路中,翻译、信号转导和免疫系统富集的差异基因数目最多.催乳素、雌激素、胰岛素、促性腺激素释放激素、胰高血糖素、催产素、谷氨酸能突触、血清素能突触等与生殖调控相关激素的代谢过程在IPS虾与正常虾眼柄之间存在差异.此外,一些已被证明在免疫反应中起重要作用的基因在IPS虾眼柄中显著上调,如血管内皮生长因子受体1、丝氨酸蛋白酶抑制剂6、C型凝集素、芳基硫酸酯酶B、酚氧化酶原激活酶2a、组织蛋白酶B、组织蛋白酶L、甲壳类抗菌肽4等.同时,注释到溶酶体、吞噬体、抗原处理与呈递、细胞凋亡、内吞作用等多条与免疫相关的途径,支持近期研究得出的罗氏沼虾IPS与病原感染相关的结论.本研究为解析罗氏沼虾IPS的成因和分子机制提供了数据支撑.

关键词： 罗氏沼虾 铁虾综合征 眼柄 转录组

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尼罗罗非鱼traf6基因表达谱及信号转导

韩雪晴; 高风英; 刘志刚; 曹建萌; 可小丽; 王淼; 衣萌萌; 高艳侠; 卢迈新; 《水生生物学报 》 2022 北大核心 CSCD

摘要：肿瘤坏死因子受体相关因子6(TRAF6)是一种重要的接头蛋白,在Toll样受体/白细胞介素-1受体(TLR/IL-1R)超家族所触发的信号通路中起重要作用,与先天性免疫密切相关.文章研究了尼罗罗非鱼(Oreo-chromis niloticus)traf6的表达模式和初步的功能.在健康鱼中,traf6转录本广泛表达于所有受检组织中,在血液中表达水平最高,在肝脏中最低.在不同的胚胎发育阶段也检测到traf6的表达.在无乳链球菌体内感染后,大多数受检组织中traf6 mRNA的表达量上调.此外,LPS、Poly I:C和S.agalactiae可显著诱导尼罗罗非鱼巨噬细胞traf6的表达.此外,在HEK293T细胞中过表达表明,TRAF6分布于细胞质中,可显著提高NF-κB的活性.免疫共沉淀(Co-IP)实验表明,TRAF6可与IRAK1(白细胞介素-1受体相关激酶1)相互作用,IRAK1在TLR/IL-1R信号通路中也起重要作用.在体内,TLR2、TLR21和TLR13b的过表达可上调traf6 mRNA的表达水平,表明TRAF6参与了TLR2、TLR21和TLR13b介导的信号转导,提示TRAF6在病原体入侵的免疫应答中起重要作用.

关键词： 尼罗罗非鱼;肿瘤坏死因子受体相关因子6;表达谱;免疫反应;NF-κB活性;信号转导

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基于LBB方法估算北部湾竹■鱼种群参数

王淼娣; 王雪辉; 杜飞雁; 孙典荣; 王跃中; 陈新军; 邱永松; 《上海海洋大学学报 》 2022 北大核心 CSCD

摘要：为探究北部湾竹■鱼（Trachurus japonicus）不同组距的划分对其种群参数和资源评估的影响,利用2006—2018年北部湾竹鱼叉长数据重构长度频率,通过逻辑斯蒂曲线拟合和长度贝叶斯生物量估算（length-based Bayesian biomass estimation method, LBB）方法,估算竹■鱼的初次性成熟叉长(L₅₀)、渐进叉长（L_∞）、相对自然死亡率（M/k）、相对捕捞死亡率（F/k）、相对总死亡率（Z/k）、最适开捕叉长(L_copt)、开发率（E）和相对生物量（B/B₀）等种群参数。分析在不同组距情况下种群参数的差异。结果表明:初次性成熟叉长范围为157～162 mm;北部湾竹■鱼种群参数平均值分别为L_∞=248 mm、M/k=1.38、F/k=6.92、Z/k=8.28和L_copt=156 mm;北部湾竹■鱼相对生物量B/B₀低于0.5,E大于0.5;不同组距重构长度频率估算的种群参数结果有差异,且随组距的增大波动较为明显。研究表明,竹■鱼生物量相对低且处于过度开发状态,建议今后以样本数量、长度组成和生物特性共同确定某种鱼类长度分组组距。

关键词： 竹■鱼 北部湾 组距 长度贝叶斯生物量估算法 长度频率 种群参数

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南极大磷虾共附生细菌多样性及其防御功能研究

杨珍珠; 赵明; 迟海; 何建国; 郭长军; 何建; 马凌波; 《海洋渔业 》 2022 北大核心 CSCD

摘要：为研究南极大磷虾(Euphausia superba)中共附生微生物的功能性,并探讨南极大磷虾与其相关微生物的相互作用关系,采用宏基因组测序技术分析了南极大磷虾中共附生微生物的物种多样性,同时采用细菌纯培养技术获得可培养菌株,对菌株进行了抑菌活性、耐氟化钠特性分析.宏基因组测序结果表明,在南极大磷虾眼柄、尾部和肠道中,变形菌门(Proteobacteria)的群落相对丰度最高,分别占各组织细菌总量的41.4%、35.8%、59.5%;在南极大磷虾胃部,厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度最高,占细菌总量的32.2%.微生物多样性分析表明,南极大磷虾眼柄和尾部的微生物多样性和丰度高于胃部和肠道组织,肠道和胃部的微生物组成差异较大.采用细菌纯培养技术共获得60株细菌,其中有一株细菌对革兰氏阳性菌[单增李斯特菌LFM2813(Listeria monocytogenes LFM2813)、金黄色葡萄球菌LFM3263(Staphylococcus aureus LFM3263)、蜡样芽孢杆菌LFM2805(Bacillus cereus LFM2805)]有抑菌活性,并鉴定为马胃葡萄球菌(Staphylococcus equorum N J2),该细菌的抑菌产物具有耐高温和蛋白酶处理后失活的细菌素基本特征;同时,可培养细菌的最大氟化钠耐受浓度为1%,且耐受菌株占比为10%.研究初步揭示了南极大磷虾不同组织的微生物多样性和相对丰度,并探讨了微生物对宿主的防御功能,可为进一步开发利用南极大磷虾资源提供参考.

关键词： 南极大磷虾;微生物群落;氟;防御功能;抑菌物质

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