科研产出
小麦Whirly基因家族的鉴定及表达分析
《农业生物技术学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：Whirly家族属于植物特有的转录因子,在多种植物生长发育、抗病和胁迫响应等方面发挥着重要作用.为探究小麦(Triticum aestivum)Whirly家族成员数量及潜在功能,本研究借助生物信息学方法,对鉴定到的6个TaWHYs成员(分别命名为TaWHY1-A,TaWHY1-A-1,TaWHY1-D,TaWHY2-A,TaWHY2-B,TaWHY2-D)进行蛋白理化性质、基因结构、蛋白三维结构及系统进化分析;使用qPCR对TaWHYs成员在干旱、高温、低温胁迫下的表达模式进行分析.结果表明,TaWHYs蛋白不稳定指数为30~60,亲水性平均系数小于0,蛋白性质稳定,属于亲水蛋白.亚细胞定位预测显示,TaWHYs蛋白在细胞核、细胞质、线粒体、叶绿体中均有分布.TaWHYs蛋白二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主,存在2种三维结构模型.转录组数据分析表明,TaWHY基因表现出不同的组织表达模式,并受到低温、高温、干旱等不同非生物胁迫的调控.qPCR结果表明,TaWHY1-A基因在低温胁迫条件下相对表达量显著上调(P<0.05),能够响应低温胁迫.本研究结果为更深层次的TaWHY功能验证和作用机理分析提供参考.
关键词： 小麦 Whirly基因家族 生物信息学分析 非生物胁迫 表达分析
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副鸡禽杆菌毒力因子研究进展
《畜牧兽医学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：副鸡禽杆菌（Avibacterium paragallinarum, Apg）是鸡传染性鼻炎的病原菌，可以引起鸡鼻腔分泌黏液性物质、打喷嚏、眶下窦肿胀、面部水肿和结膜炎等临床症状，导致病鸡生长不良，产蛋率急剧下降，从而危害养禽生产。Apg的致病性受多种因素影响，包括荚膜、脂多糖等细胞壁结构成分和菌体分泌的功能性蛋白（如血凝素和金属蛋白酶等）。本文从生物被膜及组分、细菌分泌物、铁离子获取和利用等方面对Apg毒力因子的研究进展进行归纳和综述，以期为鸡传染性鼻炎的科学防治提供理论参考。
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基于DeepLabCut算法的猪只体尺快速测量方法研究
《农业机械学报 》 2023 EI 北大核心 CSCD
摘要：为解决基于计算机视觉猪只体尺测量过程中存在的对猪只姿态依赖度高、测定效率低等问题，提出了一种基于DeepLabCut算法的非接触式猪只体尺快速测量方法。本研究以长白猪为研究对象，使用RealSense L515深感相机作为图像数据采集单元获取猪只背部RGB-D数据，通过分析对比ResNet、MobileNet-V2、EfficientNet系列的10个主干网络训练效果，选取EfficientNet-b6模型作为DeepLabCut算法最优主干网络进行猪只体尺特征点检测；为实现猪只体尺数据的精准计算，本文采用SVM模型识别猪只站立姿态，筛选猪只自然站立状态；在此基础上，采用深度数据临近区域替换算法对离群特征点进行优化，并计算猪只体长、体宽、体高、臀宽和臀高5项体尺指标。经对140组猪只图像进行测试发现，本研究提出的算法可实现猪只自然站立姿态下体尺的实时、精准测量，体尺最大均方根误差为1.79 cm,计算耗时为每帧0.27 s。
关键词： 猪只 DeepLabCut 非接触式 特征点 体尺测量
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不同温度下白颖苔草(Carex rigescens)种子发芽的生理特性研究
《草地学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：白颖苔草（Carex rigescens）作为我国北方优良的草坪地被植物，在园林绿地中具有广泛的应用前景。然而白颖苔草的种子发芽率低、发芽时间长限制了其规模化利用。本文研究了不同温度下白颖苔草种子发芽及发芽过程中营养物质含量及相关酶活性的变化。结果表明：30℃/20℃促进白颖苔草种子的发芽，在此条件下，种子发芽过程中淀粉、可溶性糖、可溶性蛋白含量逐渐降低，变温与恒温下白颖苔草种子的淀粉、可溶性蛋白含量存在显著差异。变温下淀粉酶活性呈先升高后下降的趋势，过氧化物酶（Peroxidase, POD）活性逐渐升高，且整体上显著高于恒温下淀粉酶和POD活性。本研究初步探讨了不同温度下白颖苔草种子发芽过程的生理机制，为白颖苔草种子研究工作的开展提供了理论依据和技术支撑。
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固相萃取-超高效液相色谱串联质谱同时测定鸡粪中27种抗生素
《环境化学 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：基于固相萃取-超高效液相色谱串联质谱建立同时检测鸡粪中27种抗生素(12种磺胺类抗生素、8种喹诺酮类抗生素、5种四环素类抗生素和2种大环内酯类抗生素)的分析方法.样品中加入乙腈/磷酸-柠檬酸混合液及乙二胺四乙酸,经涡旋和超声提取,HLB固相萃取柱净化,采用高效液相色谱串联质谱测定.结果表明,27种抗生素在1-500 μg·L-1范围内线性关系良好,相关系数r均大于0.994,检出限和定量限分别为0.1-0.8 μg·kg-1和0.3-2.7 μg·kg-1.在50、100、500 μg·kg-1的3个添加水平条件下,27种抗生素的平均回收率在66.1%-111.3%之间,相对标准偏差在2.3%-15.0%之间.采集4家养鸡场的鸡粪样品进行验证分析,发现鸡粪样中磺胺类、喹诺酮类和四环素类抗生素的检出浓度分别为未检出ND-28.1、ND-120.0、ND-4246.2 μg·kg-1.由此表明,该方法可用于鸡粪中多种抗生素的同时检测.
关键词： 抗生素 鸡粪 固相萃取 超高效液相色谱串联质谱
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两种单色鲤皮肤转录组特征分析
《大连海洋大学学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了探究全红鲤（Cyprinus carpio）和全黄鲤的基因资源，采用Illumina Hi-seq测序技术对两种单色鲤的皮肤进行转录组测序，并对差异表达基因进行注释和富集分析。结果表明：对体长为（33.42±0.24）cm的全红鲤和体长为（38.75±0.43）cm的全黄鲤皮肤测序，分别获得干净数据（clean reads）为129 222 850和130 869 572个；与Nr、Nt、COG、GO、KEGG、Pfam和Uniprot数据库中已知基因进行比对，分别有58 782、61 490、11 468、31 206、31 581、61 385和51 805个基因获得注释，7个数据库中均有注释的基因数为8 378个；在全红鲤和全黄鲤皮肤中存在4 822个差异表达基因，其中，显著上调1 929个，显著下调2 893个；取其中9个差异表达基因进行qRT-PCR验证，证实了转录组数据结果的可靠性；在差异表达基因中，筛选获得了部分参与体色调控的基因，包括mitfa、ednrA、wnt7、agouti和mif等；KEGG分析发现，差异表达基因极显著富集在甘露糖与果糖代谢、糖酵解/糖原异生途径、碳代谢、磷酸戊糖途径和酪氨酸代谢等43条通路；对酪氨酸代谢和黑色素合成通路分析发现，与红色素和黄色素合成相关的基因mif、mif4g、agouti、ednrA和ednrB等显著上调，与黑色素合成相关的基因tyr、tyrp1、mitfa和wnt7等显著下调；差异基因变异分析发现，全红鲤和全黄鲤中均存在的单核苷酸多态性标记（SNP）共388 673个。研究表明，两种单色鲤皮肤组织中差异表达基因主要富集在能量代谢、生长和免疫等通路中，获得的转录组信息可为今后锦鲤分子标记的开发及功能基因的克隆、编辑和功能分析等提供基础数据。
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基于LDA_SVM的小麦质地检测方法研究
《中国粮油学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：研究基于透射光图像的小麦质地检测方法,使用工业相机采集14种小麦种子的透射光图像,通过图像处理技术获取整粒小麦、胚乳和种胚代表性区域,并提取对应区域的颜色特征数据.分别运用PCA和LDA进行数据降维,并将降维前后的数据与支持向量机(SVM)、K近邻算法(KNN)和决策树模型(DT)3种分类器相结合建立分类模型,对不同品种小麦质地进行分类识别研究.结果表明:利用图像处理技术提取透射光全部特征,建立的LDA_SVM模型分类正确率可以达到97%以上,证明透射光图像下通过机器学习对不同质地小麦快速分类鉴别是可行的.
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基于DNDC模型研究春玉米长期秸秆还田的氮肥减施潜力
《植物营养与肥料学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探索秸秆还田对玉米氮肥减施潜力的影响，为东北黑土区养分资源高效利用提供科学依据。【方法】田间定位试验在吉林省公主岭市开展，始于2017年，分别在秸秆还田和离田条件下，设置施氮0、70、140、210、280和350 kg/hm~2，共12个处理。基于田间实测值校正和验证反硝化-分解模型（DNDC,Denitrification-Decomposition），并用校正后的模型模拟30年（1991—2020）秸秆还田对春玉米产量和氮素利用率的影响以及氮肥减施潜力。【结果】DNDC经参数校正后能够较好地模拟秸秆还田和离田条件下各施氮量处理春玉米产量、生物量、氮吸收和土壤无机氮含量，模拟值与实测值的标准平均相对误差（nARE）和标准均方根误差（nRMSE）范围平均分别为-5.7%～7.6%和10.0%～28.5%。依据长期模拟结果，秸秆还田条件下，最大产量施氮量下的春玉米产量、氮素回收率、农学效率和偏生产力比秸秆离田条件下可分别平均提高6.0%、5.5%、2.7 kg/kg和6.7 kg/kg，氮素表观盈余率平均下降36.3%。与秸秆离田条件相比，秸秆还田条件下达到秸秆离田条件下最大产量的施氮量平均减少35.5 kg/hm~2，约为18.4%。最大产量氮肥减施比例随秸秆还田年限的延长而变化，秸秆还田7～15年时的氮肥减施比例最高，平均为23.6%，秸秆还田19～30年的减施比例平均为15.8%。此外，秸秆还田的氮肥减施比例在湿润年最高，平均为20.5%，其次是平水年，平均为18.7%，干旱年最低，平均为15.4%。【结论】相比于秸秆离田，长期秸秆还田可显著提高玉米产量和氮素利用率，减少获得相同产量所需的施氮量以及氮素盈余率。按照DNDC模型预测，我国东北春玉米生产在秸秆还田下的氮肥减施潜力依年降水变化，为10%～20%。
关键词： 春玉米 秸秆还田 氮肥利用率 氮肥减施 DNDC模型
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基于LDA和语步标注的主题识别与分析方法研究
《数据与计算发展前沿 》 2023 CSCD
摘要：【目的】从主题表征词抽取和主题句功能分类两个维度，设计基于潜在狄利克雷分布模型（Latent Dirichlet Allocation,LDA）和语步标注的主题分析方法，并探究方法的有效性与实用性。【方法】采用LDA模型进行主题识别，利用Sentence Transformer模型对主题词短语进行提取，同时构建句子功能分类模型进行语步标注，识别文本句子功能类型，从句子功能维度对主题内容进行细粒度分析。【结果】以农业资源与环境领域论文数据为例进行实证研究，结果表明，相比传统LDA模型，经过提取主题词短语后，识别出的主题表征词可读性和解释性更强，进一步结合语步标注后，主题句子内容分析更为深入。【局限】主题短语表征词扩展内容存在含义相同问题，有待进一步改进表征词的多样性，以整合相同含义的主题短语表征词。【结论】本研究所提方法在主题表征词抽取、主题内容分析方面具有较好的效果，可以提高文本主题挖掘的效率与深度。
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H9亚型禽流感病毒分离鉴定及鸡新城疫、禽流感(H9亚型)、禽腺病毒病三联灭活疫苗对其免疫保护效果研究
《中国畜牧兽医 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】研究鸡新城疫、禽流感（H9亚型）、禽腺病毒病（Ⅰ群，4型）（简称：新流腺）三联灭活疫苗（La Sota株+BX13株+DC株）对禽流感病毒（AIV）流行毒株的免疫保护效果，为新流腺三联灭活疫苗的研发提供数据支撑。【方法】本研究对2019-2022年分别对从河北石家庄、北京密云、河北衡水、广西南宁发病鸡群中采集的病料进行AIV分离鉴定；利用MegAlign软件分析BX13株和2019-2022年分离株之间的相似性及亲缘关系；采用新流腺三联灭活疫苗免疫SPF鸡，免疫后21 d测定H9亚型AIV HI抗体，同时用同源BX13株和本试验中AIV分离株进行攻毒试验，检测新流腺三联灭活疫苗对H9亚型AIV流行毒株的保护效果。【结果】2019-2022年从河北、北京和广西发病鸡群中分离获得4株AIV,均为H9亚型AIV,分别命名为SJZ19、MY20、HS21和NN22株；BX13株与2019-2022年4个分离株的相似性较高，在95.3%～96.3%之间；BX13株和4个分离株均属于DK-HK-Y280-97所在亚群的分支；新流腺三联灭活疫苗免疫后，各免疫组鸡H9亚型AIV HI抗体效价明显上升，达到9.2～9.9 log2,而对照组鸡抗体为阴性；用同源BX13株攻毒后，对照组鸡100%（5/5）阳性，免疫组鸡100%（10/10）阴性，保护率为100%;用4株H9亚型AIV分离株攻毒后，对照组鸡100%（5/5）阳性，免疫组鸡90%（9/10）～100%（10/10）阴性，保护率为90%～100%。【结论】以BX13株制备出的新流腺三联灭活疫苗对目前的流行毒株具有较好的免疫保护效果。
关键词： H9亚型禽流感病毒 流行毒株 三联灭活疫苗 免疫保护
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