科研产出
香蕉GAPDH基因家族的生物信息学及转录表达分析
《热带作物学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：从香蕉基因组数据库和NCBI数据库中检索香蕉GAPDH基因家族的所有成员,并采用生物信息学方法对其进行亚细胞定位、进化树分析和保守结构域预测。克隆测序发现,巴西蕉内的GAPDH基因家族成员序列与小果野蕉基因组数据库中提供的序列基本一致,同源性超过98%。转录表达分析表明,GAPDH基因家族成员在巴西蕉不同器官的表达模式多样:MaGAPCP1,MaGAPC6/8/10/11成组成型表达,其余的基因则在各组织器官间成差异型表达,且差异型表达的基因在不同组织器官中表达模式也不相同,组成型表达的基因在不同组织器官中表达模式虽相同,但表达量有差异。GAPDH基因家族成员在表达模式上的多样化,可能暗示其功能的多样化,这种多样化可能是在进化过程中为适应环境而出现的功能分化或冗余。结果为进一步研究GAPDH基因家族成员在香蕉生长、发育,非生物胁迫,果实后熟等重要生物学过程中的功能奠定基础。
关键词： 香蕉 GAPDH基因家族 生物信息学分析 表达分析
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橡胶树砧穗胶乳养分含量与产量的关系
《中国农学通报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：为探讨橡胶树高产的机理,分析了不同产量水平橡胶树(PB86)砧木和接穗胶乳养分含量的差异。通过对干含、总固形物、硫醇、糖、无机磷、粗蛋白等的比较分析,结果表明:(1)橡胶树自身的砧木与接穗之间,除超高产橡胶树砧木中蔗糖、硫醇的含量极显著高于接穗外,其他养分含量在超高产、高产橡胶树自身的砧木与接穗之间差异并不显著,但一般单株橡胶树接穗胶乳中干胶含量、总固形物含量均极显著高于自身砧木。(2)不同产量水平的橡胶树之间,产量越高的橡胶树其砧木胶乳中各种养分的含量也越高,超高产橡胶树砧木中干含、总固形物、硫醇、糖的含量均极显著高于高产树和一般单株。(3)不同产量水平橡胶树接穗间硫醇、蔗糖、粗蛋白的含量差异均未达极显著水平。相对而言,与嫁接后橡胶树砧木与接穗之间的营养物质运输对橡胶树产量的影响相比,嫁接时优良砧木材料的选择更为重要。
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基于柱花草DUS测试性状的多样性分析与测试指南修订探讨
《草业科学 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：为了完善柱花草(Stylosanthes)DUS测试体系,本研究采用《植物新品种特异性、一致性和稳定性测试指南柱花草》报批稿中的24个必测性状对192份柱花草种质进行测试,聚类分析得到相似系数为0.770时可将其分为11类,同时结合种质的来源、选育背景及多样性分析的结果,对测试性状中6个必测性状描述补充,剔除荚果喙性状和新增茎的颜色、托叶毛况这两个性状,另外确定了测试标准品种。柱花草DUS测试指南的修订,旨在为柱花草新品种审定及品种鉴定提供更有力的依据。
关键词： 柱花草 DUS测试 性状多样性 指南修订 标准品种
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正交优化芒果SRAP扩增体系及引物筛选
《热带作物学报 》 2014 CSCD
摘要：利用正交实验设计,对芒果SRAP-PCR反应的5因素(Mg2+、dNTPs、模板DNA、引物和Taq DNA聚合酶)4水平的扩增效果进行研究,确立适合芒果SRAP-PCR反应的最佳体系。总体积25μL的SRAP-PCR优化的最佳反应体系中含有:2.5μL 10×buffer、20 ng模板DNA、2.5 mmol/L Mg2+、0.2 mmol/L dNTPs、0.4μmo1/L Primer、Taq DNA聚合酶1.5 U。并运用该体系从153对引物组合中初步筛选出50对SRAP引物组合。建立的SRAP标记可为芒果遗传多样性、分子标记及辅助育种等提供研究基础。
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基于模型的香蕉种质资源群体结构聚类分析及其亲缘关系分析
《热带作物学报 》 2014 CSCD
摘要：应用SSR分子标记技术,结合structure软件分析了32份香蕉种质之间的遗传关系。结果显示32份香蕉群体分为4大亚群:本地大蕉群、ABB群(包含引进大蕉亚群、粉蕉群)、AAA群及mix群。国内大蕉与引进大蕉遗传关系较远;粉蕉和大蕉各个品种之间存在丰富的遗传多样性;AAA群的皇帝蕉、Yangambi KM5和AAcv Rose栽培品种与我国早期引进的主栽品种Williams遗传关系较远;本地大蕉群中的酸芭蕉(ABB)和东莞中把大蕉(ABB)与其它大蕉相聚较远;ABB群组中巨型大蕉(ABB)和FHIA-03(AABB)与该群中的其它品种相聚较远;华农15和Williams没有被区分开,它们可能是同一克隆。研究结果表明基于模型的structure聚类分析也能用于遗传多样性分析。
关键词： 香蕉 SSR Structure分析 聚类分析
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剑麻茎腐病菌基因组SSR标记开发
《热带作物学报 》 2014 CSCD
摘要：下载Aspergillus niger ATCC 1015菌株全基因组序列,利用GRAMENE网站提供的SSR鉴定工具SSRIT(Simple Sequence Repeat Identification Tool),并按含有2~10个碱基重复、碱基数在18 bp以上的SSR基元为标准进行SSR鉴定。结果从A.niger ATCC 1015全基因组中,共发现4 000个2~10碱基SSR,其中含9个碱基重复基元类型最多,共有1 433个,占所鉴定SSR总数的35.8%。其次为6个碱基重复基元类型,共有753个,占SSR总数的18.8%;接着为3个碱基重复类型,共有547个,占13.6%。从鉴定出来的SSR中,选择含有SSR的合适区段,从中设计了36对引物,对剑麻茎腐病菌17个菌株的基因组DNA进行了PCR检测,发现这些引物都能从剑麻茎腐病菌基因组DNA中有效扩增。由此表明,黑曲霉ATCC 1015菌株基因组SSR在剑麻茎腐病菌基因组中具有通用性。这为研究剑麻茎腐病菌群体遗传变异、多样性和进化,定位和克隆功能基因等提供了分子标记。
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我国野牡丹属植物的表型多样性研究
《热带作物学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：对国产野牡丹属6种16个居群的22个表型性状进行观测,通过方差分析、聚类分析、因子分析对其表型变异、种间亲缘关系等进行探讨,以揭示野牡丹属植物的表型多样性,并为其提供分类依据。结果表明:野牡丹属种间与种内居群间在数量性状上均存在丰富的表型变异,15个数量性状的变异系数为6.77%~34.50%,其中花序花朵数、小苞片宽、叶柄长、花梗长的变异较大,果径、花径、花萼长、花瓣长和叶长宽比的变异较小;质量性状的多样性主要存在于种间,种内居群间在叶柄颜色、花色上存在差异。表型聚类结果显示当平均距离为34时,16个居群可分为3类,展毛野牡丹、多花野牡丹、细叶野牡丹和野牡丹为1类,毛菍、地菍各为1类,同种下各居群没有严格依地理距离聚类。因子分析结果显示,花部形态变异是野牡丹属植物表型分化的主要因素,基出脉、花梗长、茎被毛的变异对其表型分化的作用较小,在进行表型分类时可避免次要性状的干扰。
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胡椒果与胡椒叶精油化学成分分析
《热带作物学报 》 2014 CSCD
摘要：采用水蒸气蒸馏法提取胡椒鲜果、黑胡椒、白胡椒和胡椒叶中的精油,得率分别为1.46%、1.77%、2.30%和1.25%。对精油进行GC-MS分析,分别鉴定得到38、31、36和63种化学物质,δ-榄香烯、3-蒈烯、D-柠檬烯、α-古巴烯、石竹烯和律草烯在果与叶中含量均较高,其中叶中δ-榄香烯含量占38.54%;蒎烯、月桂烯、α-水芹烯和间伞花素在果中含量较高,而在叶中含量较低;甘香烯、α-荜澄茄油烯、β-榄香烯、α-古芸烯、β-古巴烯、α-蛇床烯、花柏烯、4-异亚丙烯-7-甲基-6-亚甲基-2-辛烯酸甲酯和桉油烯醇在叶中含量较高,而果中含量较低或没有。此外,采用电子鼻方法可有效区分胡椒粉和胡椒叶。
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基于分子印迹膜的电流型传感器检测伏草隆残留
《热带作物学报 》 2014 CSCD
摘要：以邻苯二胺为功能单体,伏草隆为模板分子,在金电极表面通过电聚合的方法制备对伏草隆具有特异识别能力的分子印迹膜,利用门效应原理对伏草隆进行测定。采用电化学手段对分子印迹膜进行表征,对试验条件进行优化并且考察传感器的抗干扰能力。结果发现:传感器对伏草隆具有很好的特异识别能力,在试验的最优条件下,伏草隆浓度在5×10-9~2×10-7 mol/L范围内与电流的响应信号呈良好的线性关系;方法的检出限达到1.7×10-9 mol/L。该传感器应用于实际样品的检测,加标回收率为103.0%~105.6%,结果令人满意。
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木薯干旱响应基因MeHDS1的克隆与分析
《生物技术通报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：HD-Zip是植物中所特有的转录因子,在植物体响应环境因子过程中起着重要的作用。以木薯cDNA为模板,利用RT-PCR技术从木薯中克隆了一个HD-Zip家族成员基因全长,命名为MeHDS1。序列分析结果表明,MeHDS1具有822个氨基酸,分子量89.07 kD,等电点为5.79,其开放阅读框长2 469 bp,具有典型HD结构域及START结构域。该转录因子与棉花GL2蛋白的同源性很高,推断其同属第IV亚家族。MeHDS1蛋白内含有一个核定位信号,亚细胞定位试验结果也证明,MeHDS1蛋白定位于细胞核与细胞壁中。实时荧光PCR分析表明,该基因在木薯根部表达量最高,受干旱诱导上调表达。通过对其生物信息学分析及其在木薯中表达谱分析结果表明,MeH DS1可能作为转录调控因子参与木薯非生物胁迫应答反应。
关键词： HD-Zip转录因子 木薯 表达分析 亚细胞定位
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