科研产出
侵染西番莲的东亚西番莲病毒全基因组序列特征及TC-RT-PCR检测技术
《中国农业科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]东亚西番莲病毒(East Asian Passiflora virus,EAPV)是西番莲(百香果)上危害严重的一种病毒.本研究对我国大陆地区东亚西番莲病毒福建分离物(EAPV-FJ)的全基因组序列进行测定,明确其基因组序列特征,并建立适用于EAPV特异性检测的TC-RT-PCR(tube capture RT-PCR)技术,旨在为该病毒的检测、监测及防治提供理论依据和技术支持.[方法]采用小RNA深度测序技术结合分段克隆方法和RACE技术,测定EAPV-FJ的全基因组序列,对获得的序列进行序列特征、系统发育关系和重组分析;通过反应条件及反应体系优化,建立用于EAPV快速检测的TC-RT-PCR技术,测定其特异性和灵敏度,并应用建立的TC-RT-PCR技术对福建省西番莲果园采集的样品进行检测,同时利用普通RT-PCR检测方法进行验证.[结果]测序获得的EAPV-FJ核苷酸序列全长为10065 nt(不含polyA尾),含有一个长度为9663 nt的开放阅读框,编码3220 aa的多聚蛋白(polyprotein),经剪切后最终生成P1、HC-Pro、P3、6K1、CI、6K2、VPg、NIa、NIb和CP 10个蛋白.基因组序列一致性分析结果表明,EAPV-FJ全基因组与GenBank登录的4个EAPV代表分离物核苷酸序列一致性为80%—99%,其中与AO株系的越南分离物EAPV-GL1(GenBank登录号:MT450870)一致性最高,为99%;EAPV-FJ多聚蛋白核苷酸、氨基酸序列与GenBank登录的4个EAPV代表分离物一致性分别为79%—99%、82%—98%.基于多聚蛋白核苷酸序列的系统发育关系分析显示,EAPV分离物共分为两个类群(Group I为AO株系、GroupⅡ为IB株系),未表现出明显的地理相关性,其中EAPV-FJ属于Group I,与已报道的越南分离物EAPV-GL1亲缘关系最近.重组分析结果表明,EAPV-FJ为非重组分离物.建立的TC-RT-PCR检测技术具有较好的特异性和灵敏度,仅能检测到感染EAPV的西番莲样品,而黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)、西番莲潜隐病毒(Passiflora latent virus,PLV)、木槿潜隐皮尔斯堡病毒(hibiscus latent Fort Pierce virus,HLFPV)、芜菁花叶病毒(turnip mosaic virus,TuMV)、大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)、夜来香花叶病毒(telosma mosaic virus,TeMV)等其他病毒及健康样品均无法检测到;灵敏度最低可以检测到稀释10倍的EAPV西番莲病叶提取液原液,与普通RT-PCR检测方法的灵敏度相当.应用建立的TC-RT-PCR技术从福建省西番莲果园采集的60份疑似病样中检出EAPV共13份,该结果与普通RT-PCR检测结果一致.[结论]首次报道了我国大陆地区EAPV全基因组序列,该分离物(EAPV-FJ)基因组结构与已报道的其他分离物一致,在系统发育关系上与越南分离物EAPV-GL1亲缘关系最近,且未检测到重组位点;建立的TC-RT-PCR检测技术具有操作简便、特异性强、灵敏度高和成本低的优点,能有效用于西番莲果园样品上EAPV的实际检测.
关键词： 西番莲 东亚西番莲病毒 全基因组 TC-RT-PCR检测
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秋石斛钙依赖蛋白激酶基因的克隆及表达分析
《西北植物学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：钙依赖蛋白激酶(calcium-dependent protein kinase,CDPK)在植物的生长发育及逆境胁迫方面发挥着重要作用.该研究以秋石斛品种'水芙蓉'为试验材料,采用RT-PCR方法克隆钙依赖蛋白激酶基因,并对其进行生物信息学分析;采用qRT-PCR方法对CDPKs基因在'水芙蓉'不同组织及不同低温胁迫下的表达情况进行分析,为秋石斛CDPK基因的功能验证以及抗寒分子机制研究奠定基础.结果表明:(1)成功克隆获得了DenCDPK1(GenBank登录号为MZ322902)、DenCDPK2(GenBank登录号为MZ322903)、DenCDPK3(GenBank登录号为MZ322904)基因,序列长度依次为1934、1971和2302 bp,分别编码534、541和536个氨基酸.(2)序列一致性结果显示,DenCDPKs蛋白质与铁皮石斛相应CDPK蛋白质序列的一致性均高于97%,且DenCDPKs均存在STKc_CAMK结构域和4个EF-hand结构域.(3)qRT-PCR分析显示,DenCDPK1、DenCDPK2和DenCDPK3基因均在叶中高表达,分别在茎、花、茎中低表达;且'水芙蓉'叶片中DenCDPK1和DenCDPK2的表达量高于其他3个供试品种;经8℃胁迫12 h后,叶片中DenCDPKs的表达量均显著高于对照组(25℃条件下),且DenCDPK3的表达量在0℃胁迫12 h时达到最高值.(4)常温(25℃)下'水芙蓉'叶片中的相对电导率显著低于其他3个供试品种;经低温(8℃、0℃)胁迫12 h后,叶片中的相对电导率均显著高于对照组,且随温度的降低呈上升趋势.研究认为,DenCDPKs基因可能参与秋石斛低温胁迫的响应过程,特别是DenCDPK2可能在秋石斛抗寒过程中发挥着重要作用.
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设施番茄新品种'闽农科2号'
《园艺学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：番茄新品种‘闽农科2号’是以自交系105-2-1-3-1-1-1作母本，SH2-1-1-1-1-1-1为父本选育的一代杂种。生长势强，高抗番茄黄化曲叶病毒病。果实扁圆形或近圆形，大红色，鲜艳有光泽，果脐小，果面光滑无棱沟，不易产生畸裂果，耐贮藏，平均单果质量200 g，完熟果可溶性固形物含量4.1%。适合福建沿海地区秋冬季设施栽培。
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橄榄叶绿体基因组密码子偏好性特征
《福建农林大学学报(自然科学版) 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：利用CodonW程序和EMBOSS在线软件对橄榄叶绿体基因组进行密码子偏好性分析,并研究其密码子偏好性形成的影响因素.结果表明,橄榄叶绿体基因组有效密码子数(ENc)、密码子GC含量(GC)和密码子第3位上的GC含量(GC3s)分别为50.36、0.385和0.305,CGT、CCT和GGT等可作为橄榄叶绿体基因的最优密码子.中性绘图分析、ENc对应分析、偏倚分析和同义密码子相对使用度对应性分析发现,橄榄叶绿体基因组密码子偏好性不是单一因素影响的结果.橄榄叶绿体基因组密码子偏好性较弱,整体上偏好使用A和T,这种偏好性可能受突变压力、自然选择和其他因素的共同作用.
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几种改良措施对酸化茶园土壤理化性质和微生物群落结构的影响
《茶叶科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：茶园土壤酸化是制约茶树可持续生产的重要因素,通过田间小区试验分析比较几种措施对茶园土壤的改良效果,以期为茶园酸化土壤改良提供科学依据.试验设置7个处理:全量化肥(常规施肥,NPK)、全量化肥+10 t?hm-2生物质炭(NPK+BC10)、有机肥替代50%化肥(OM50)、有机肥替代50%化肥+2 t?hm-2生石灰(OM50+Lime)、有机肥替代50%化肥+10 t?hm-2生物质炭(OM50+BC10)、有机肥替代50%化肥+20 t?hm-2生物质炭(OM50+BC20)、有机肥替代50%化肥+40 t?hm-2生物质炭(OM50+BC40).连续施用2年后,对茶园土壤酸度、养分和微生物群落进行测定.与NPK相比,OM50+Lime、OM50+BC20和OM50+BC40处理土壤pH分别显著提高1.10、0.49和0.68,盐基饱和度分别显著提高114.01%、55.92%和58.62%.OM50+BC10、OM50+BC20和OM50+BC40处理的土壤有机碳含量分别比NPK处理显著增加了29.68%、41.04%和59.37%.不同处理对土壤硝态氮含量无显著影响,OM50、OM50+BC20和OM50+BC40处理的铵态氮含量比NPK处理分别显著提高了40.27%、44.77%和41.77%.NPK+BC10、OM50+BC10、OM50+BC20和OM50+BC40处理能显著提高土壤微生物活性、微生物群落物种丰富度、多样性和均一性.OM50+BC10、OM50+BC20和OM50+BC40处理显著降低了真菌/细菌比例,表明这3个处理短期内增加了红壤茶园土壤生态系统稳定性,但OM50+Lime处理的革兰氏阴性菌/革兰氏阳性菌比例显著低于对照处理,表明施用生石灰处理的土壤微生物受到的环境胁迫程度高于其他处理.总之,OM50+Lime、OM50+BC20和OM50+BC40处理对酸化茶园土壤有较好的改良效果,OM50+BC20和OM50+BC40处理对土壤微生物群落性质方面的改良效果更佳.综合考虑改良效应及成本,OM50+BC20为最佳改良方案.
关键词： 茶园土壤 酸化 土壤微生物群落 生物质炭 石灰 有机肥
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70份紫云英种质资源表型多样性及其在豫南地区的结实特征
《草业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：对70份当地和引入紫云英种质资源在豫南地区种植的表型性状和结实特征进行研究,结果表明,供试紫云英均可在豫南地区完成扩繁,19个调查性状的变异系数(CV)介于1.3%~73.2%,其中冠层面积(CV=45.9%~73.2%)、始荚高度(CV=46.0%~52.9%)、生殖分枝数和生殖分枝比率(CV=34.6%~48.4%)、二级分枝数(CV=41.2%~41.3%)、返青期株高(CV=30.2%~39.2%)、种子产量(CV=24.4%~35.7%)变异性较高.信紫1号、XYHY-1等6个当地资源在越冬期和返青期叶片呈现紫红色.种子产量与返青期株高、盛花期株高、越冬期冠层大小、始荚高度、结荚层数、种子千粒重显著正相关;种子千粒重与返青期株高、盛花期株高、越冬期冠层大小、始荚高度、结荚层数、生殖分枝比率显著正相关,与出苗至盛花期天数、全氮和全磷含量显著负相关.引入资源平均种子产量为1015.5 kg·hm-2,当地资源平均种子产量为1096.5 kg·hm-2.与冬油菜和冬小麦相比,大部分紫云英种质资源在豫南地区繁种具有较高的经济效益,适合移栽稻接茬.
关键词： 紫云英;资源评价;繁种能力;豫南地区
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基于GC-Cascade R-CNN的梨叶病斑计数方法
《农业机械学报 》 2022 EI 北大核心 CSCD
摘要：为提高梨叶片病害发生程度诊断的效率和准确性,本文提出基于全局上下文级联R-CNN网络(Global context Cascade R-CNN,GC-Cascade R-CNN)的梨叶病斑计数方法.模型的主干特征提取网络嵌入全局上下文模块(Global context feature model,GC-Model),建立有效的长距离和通道依赖,增强目标特征信息.引人特征金字塔网络(Feature pyramid network,FPN)融合浅层细节特征和深层丰富语义特征.使用ROI Align替换ROI Pooling进行区域特征聚集,增强目标特征表达.最后利用多层级联网络对目标区域进行边框回归和分类,完成病斑计数任务.在梨叶病斑图像测试中,模型的各类病斑平均精确率均值(Mean average precision,mAP)达89.4%,检测单幅图像平均耗时为0.347 s.结果表明,模型能够有效地从梨叶片病害图像中检测出多类病斑目标,尤其对叶片炭疽病斑检测效果提升显著;不同种类梨叶片病害病斑计数值与真实值回归实验决定系数R2均大于0.92,表明模型病斑计数准确率较高.
关键词： 梨树叶片 病斑计数 级联网络 全局上下文特征 注意力机制 小目标检测
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糖蜜和乳酸菌对福建香茅草青贮品质的影响
《家畜生态学报 》 2022 北大核心
摘要：为探讨添加糖蜜、乳酸菌对香茅草青贮品质的影响,以福建香茅草为原料,分别添加50 g/kg糖蜜,109 cfu/kg乳酸菌和50 g/kg糖蜜+0.1 mL/kg乳酸菌混合,无添加为对照组.每个处理3个重复,室温贮存60 d后开封,分析青贮料的品质.结果表明,糖蜜和糖蜜+乳酸菌混合处理显著提高青贮料的干物质含量、粗蛋白含量、可溶性碳水化合物含量和乳酸含量(P<0.05),显著降低青贮料的粗脂肪含量、中性洗涤纤维含量、酸性洗涤纤维含量、半纤维素含量和pH(P<0.05);乳酸菌处理显著提高青贮料的乳酸含量(P<0.05),显著降低青贮料的中性洗涤纤维含量、半纤维素含量、氨态氮含量和pH(P<0.05).发酵前后和添加剂处理对香茅草的精油含量无显著影响(P>0.05).综上所述,乳酸菌和糖蜜处理均可一定程度上改善青贮品质,其中糖蜜处理在香茅草青贮料营养物质的保存中,效果显著.
关键词： 香茅草;青贮;糖蜜;乳酸菌
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猕猴桃AdMSD1和AdMSD2的克隆及其在果实后熟软化中的表达
《核农学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：锰超氧化物歧化酶(MnSOD)在植物生长发育与衰老及应对逆境胁迫中发挥重要作用.为探究MnSOD基因在猕猴桃果实后熟软化及采后贮藏过程的作用,本研究以米良1号猕猴桃为试材,克隆了2个MnSOD基因,分别命名为AdMSD1和AdMSD2.AdMSD1包含675 bp的开放阅读框(ORF),编码224个氨基酸,登录号为KY471358;AdMSD2包含690 bp的ORF,编码229个氨基酸,登录号为KY471359.生物信息学分析结果表明,AdMSD1和AdMSD2均编码稳定的碱性亲水蛋白,包含保守金属结合域DVWEHAYY、Mn2+金属结合位点和特征氨基酸.AdMSD1和AdMSD2均由6个外显子和5个内含子组成.进化树结果显示,2个蛋白聚在双子叶植物组的不同分支,属于MnSOD家族的不同成员.定量分析结果表明,AdMSD1在叶片的转录水平最高,在花中的转录水平最低;AdMSD2在花中的转录水平最高,在成熟果中的转录水平最低.2个基因在果实后熟软化过程的转录呈动态变化,但均在软化初期上调,软化Ⅰ期和Ⅱ期下调,进入软化Ⅲ期后再次回升.果实中AdMSD1和AdMSD2的转录水平均在低温贮藏过程中下降.AdMSD1在脱落酸处理的第1和第5天表达上调,而AdMSD2在脱落酸处理后表达下调;AdMSD1在赤霉素处理后表达下调,而AdMSD2在赤霉素处理的第1天表达上调,之后下调.研究结果表明,AdMSDs基因参与猕猴桃果实的后熟软化和采后贮藏过程,为进一步研究SOD在猕猴桃果实采后品质调控中的作用机制奠定了基础.
关键词： 猕猴桃 锰超氧化物歧化酶基因 贮藏温度 激素处理 表达模式
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