应用转录组测序高通量发掘东方粘虫SSR标记

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李微

作者： 张蕾;程云霞;罗礼智;江幸福

作者机构：

关键词： 粘虫;SSR;转录组;重复基元

期刊名称： 植物保护学报

ISSN： 0577-7518

年卷期： 2017 年 03 期

页码： 377-384

收录情况： 北大核心

摘要： 为高通量发掘粘虫Mythimna separata(Walker)的SSR标记,利用MISA软件对第2代转录组测序获得的108 494条粘虫unigenes进行SSR检测。结果显示,共发现12 483个SSR位点,出现频率为11.505%,分布于10 685条unigenes中,发生频率为9.848%,平均每6 126 bp含有1个SSR位点。单核苷酸和三核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的75.206%和15.325%;六核苷酸重复所占比例最小,仅为0.008%。粘虫转录组SSR中共发现42种重复基元,单核苷酸重复基元A/T出现频率最高,占总SSR的74.141%;其次是AC/GT和ATC/ATG,分别占4.390%和4.094%。10次重复的SSR数量最多,有6 557个,占总SSR的52.527%;11次重复的为1 872个,占14.996%;12次以上重复所占比例均不足5.000%。表明粘虫转录组中SSR位点数量多、出现频率高、基元类型丰富。

分类号： S433.4

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