基于牙鲆RNA-seq数据中SSR标记的信息分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李超

作者： 李超;侯吉伦;王桂兴;张晓彦;刘永富;童爱萍;刘海金

作者机构：

关键词： 牙鲆;转录组测序;SSR标记

期刊名称： 海洋渔业

ISSN： 1004-2490

年卷期： 2015 年 37 卷 02 期

页码： 122-127

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过对牙鲆(Paralichthys olivaceus)进行转录组测序(RNA-seq),利用Micro SAtellite(MISA)软件对1~6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定。结果表明,牙鲆转录组水平上,共发现42 183个SSR位点,分布在26 457条Unigene上,发生频率为27.12%,平均密度为339个/Mbp。获得的SSR一共有216种重复基元,其中二核苷酸重复基元类型数量最多,共有17 570个,占所鉴定SSR总数的41.65%。同时用SPSS statistics 20.0软件对牙鲆转录组SSR的多态性进行了评估。

分类号： S917.4

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