基于高通量测序的夏黑葡萄叶片衰老转录组分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王超霞

作者： 王超霞;商佳胤;李凯;集贤;张鹤;张娜;王丹;苏宏;田淑芬

作者机构：

关键词： 夏黑葡萄;高通量测序技术;叶片衰老;转录组

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2021 年 19 卷 017 期

页码： 5645-5653

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探究夏黑葡萄叶片衰老相关基因的表达情况及代谢通路,本研究以叶果比12为材料,采用高通量测序技术对采集花后45、65、85和105 d的叶片进行转录组分析.结果 显示,花后45 d的样品中得到50855290条clean reads,GC含量为46.49%;花后65 d的样品中得到50432588条clean reads,GC含量为46.13%;花后85 d的样品中得到52169372条clean reads,GC含量为47.10%;花后105 d的样品中得到50988842条clean reads,GC含量为47.01%.与参考基因组进行序列比对,发现各样品74.20%以上的reads比对到参考基因组,绝大部分分布在外显子区,其中有72.43%的reads比对到参考基因组的唯一位置.各样品间基因差异表达分析得到共有差异基因2583个.GO功能注释分析发现这些差异基因主要参与生物过程中的光合作用,以及与核酸结合转录因子活性等分子功能相关;SNP位点分析结果发现在每个样品中平均有417490个变异位点,主要分布在外显子区、内含子区、基因上下游区域.本研究明确了夏黑葡萄叶片衰老过程中相关基因的变化,为进一步挖掘夏黑葡萄叶片衰老过程中关键基因的功能奠定了理论基础.

分类号：

  • 相关文献
作者其他论文 更多>>

微信小程序