抗口蹄疫病毒相关基因的筛选及分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李建霞

作者： 李建霞;苗向阳;任慧英;于忠娜

作者机构：

关键词： 口蹄疫;mRNA差异显示技术;表达序列标签;生物信息学分析

期刊名称： 中国生物工程杂志

ISSN： 1671-8135

年卷期： 2008 年 28 卷 07 期

页码： 48-52

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 口蹄疫是一种烈性传染病,其广泛流行给社会造成了巨大经济损失。为了研究口蹄疫灭活疫苗免疫的分子机制,同时也为抗口蹄疫病毒药物的研制奠定基础,应用mRNA差异显示技术,以PK-15细胞为材料,系统比较了口蹄疫疫苗刺激组(A组)和正常的PK-15细胞(B组)的基因表达情况,回收差异片段,经二次扩增并纯化后,得到30条ESTs。将30条ESTs采用以地高辛标记的反向Northern点杂交鉴定,将阳性条带克隆测序,筛选出8条ESTs,编号E1～E8,应用BLASTn工具将8条ESTs对核酸数据库nr和dbEST中所有序列进行了同源性分析,其中E1,E2分别与猪的热休克蛋白基因、猪的MHCⅠ类基因同源,序列相似性都达到100%。E3,E4,E5,E7分别与已有核酸数据库中的基因克隆或EST具有较高同源性,为已知的EST,但功能未知;E6,E8在数据库中没有发现与其相似性较高的序列,为新的EST。应用数据库资源将E5,E7进行电子延伸后,将延伸序列进行开放阅读框分析,又经TBLASTx分析发现E7蛋白质序列与猪的精氨酸酶Ⅰ类蛋白序列有很高同源性。将E1,E2,E4,E5序列进行了基因表达谱分析,对E6,E8用BLASTx工具对非冗余蛋白质数据库nr进行了相似性搜索,在其他物种中找到了相似的基因序列。本研究筛选出的热休克蛋白基因、MHCⅠ类基因、精氨酸酶Ⅰ类基因和其他未知功能基因可以作为抗口蹄疫病毒研究中的侯选基因,其具体的功能有待今后进一步研究。

分类号： S852.5

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