甘蓝型油菜中一类AP2/ERF转录因子的克隆和生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 庄静

作者： 庄静;周熙荣;孙超才;管帮超;彭日荷;乔玉山;章镇;高峰;蔡斌;熊爱生;姚泉洪

作者机构：

关键词： AP2/ERF;转录因子;克隆;生物信息学;甘蓝型油菜;沪油15

期刊名称： 中国生物工程杂志

ISSN： 1671-8135

年卷期： 2008 年 28 卷 05 期

页码： 29-40

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： AP2/ERF转录因子家族是植物中广泛存在的一类转录因子,AP2/ERF这类转录因子主要参与植物的细胞周期、生长发育以及生物和非生物胁迫相关基因的表达调控。由于拟南芥和油菜同属于芸薹属,具有相似的基因信息,利用油菜UniGene数据库,以拟南芥ERF转录因子保守序列为探针,通过电子克隆从一个UniGene C luster中分离得到三个同类的AP2/ERF转录因子,从cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性分析、序列比对、进化树、功能域、二级结构、三级结构、无序化特性进行了预测和较为全面的分析。结果显示油菜来源的BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3属于AP2/ERF转录因子的B-2亚族,是亲水性蛋白,在蛋白质的三级结构上与AtERF1相似。蛋白质无序化分析发现,油菜BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3无序化程度小于拟南芥AtERF1。设计引物通过PCR和RT-PCR方法分别从甘蓝型双低油菜沪油15幼苗的DNA和cDNA中扩增了上述基因,初步分析BnaERF2没有内含子,BnaERF1和BnaERF3有内含子。另外,通过EST丰度分析显示,该类转录因子的表达最高峰在种子中,其次为花,在芽、茎和分生组织中没有检测出表达的存在。

分类号： S565.4

  • 相关文献

[1]沪油15中两个AP2/ERF-B1亚族转录因子的克隆与分析. 庄静,彭日荷,高峰,付晓燕,朱波. 2009

[2]油菜AP2/ERF-B4类转录因子克隆及表达载体的构建. 庄静,熊爱生,乔玉山,章镇,姚泉洪. 2008

[3]真核生物启动子研究概述. 李圣彦,郎志宏,黄大昉. 2014

[4]甘蓝型油菜沪油15中BnaRAV-2-HY15转录因子的克隆及表达分析. 庄静,Zhang Jian,熊爱生,周熙荣,孙超才. 2010

[5]甘蓝型双低油菜品种沪油15的选育. 孙超才,赵华,方光华,王伟荣,李延莉,钱小芳. 2002

[6]农作物旱胁迫响应相关转录因子的研究进展. 巩檑,石磊,宋玉霞,陈虞超,甘晓燕,张丽,李苗. 2013

[7]水稻AP2/ERF转录因子的研究进展. 孙滨,占小登,曹立勇,程式华. 2017

[8]植物转录因子AP2/ERF家族蛋白结构和功能的研究进展. 悦曼芳,张春,吴忠义. 2022

[9]枸杞MYB103转录因子的生物信息学分析. 尹跃,曹有龙,陈晓静,赵建华. 2012

[10]急性T淋巴细胞性白血病关键基因的筛选与验证. 蒋光洁,陈燕华,郭维,张航,邹琳. 2018

[11]一个新的葡萄抗逆转录因子VvERF2基因的In silico克隆及生物信息学分析. 高峰,熊爱生,彭日荷,李贤,蔡斌,薛永,付晓燕. 2008

[12]硒都黑猪NT5C1A基因核心启动子区鉴定及转录因子预测. 任双,吴俊静,彭先文,张志红,周佳伟,梅书棋,乔木,杜志强. 2024

[13]基于RNA-seq技术的茶树CsbHLH62生物信息学分析. 曹丹,金孝芳,马林龙,刘艳丽,郭桂义. 2019

[14]辣椒WOX转录因子家族的鉴定、进化与表达分析. 张烨达,王星,王丽萍,佟静,武占会,高彦魁. 2023

[15]甘蓝型油菜‘沪油15'中两个CBF类转录因子的克隆与分析. 庄静,朱波,金晓芬,彭日荷,乔玉山,章镇,熊爱生,姚泉洪. 2008

[16]软枣猕猴ICE1基因克隆与生物信息学分析. 张庆田,范书田,李昌禹,艾军,秦红艳. 2019

[17]水稻转录因子NF-YB家族的生物信息学分析. 余东,孙志忠,孙学武,谭炎宁,盛夏冰,段美娟,袁定阳. 2018

[18]拟南芥AtOFP8的生物信息学分析及表达分析. 唐尧,张微,尹艳莉,冯鹏,陈宇峰,常缨. 2018

[19]芒果果实bHLH家族转录因子的生物信息学分析. 郑斌,文定青,武红霞,邹明宏,刘恒,王松标,赵巧丽. 2019

[20]海南龙血树4个DcTIFY10转录因子的鉴定和表达分析. 丁旭坡,马纳纳,庞宽壮,蔡彩虹,戴好富,梅文莉. 2019

作者其他论文 更多>>

微信小程序