利用SALF-seq简化基因组测序分析茄子种质资源遗传多样性

文献类型： 中文期刊

第一作者： 冯恩友

作者： 冯恩友;肖熙鸥;林文秋;莫定鸣;冯晓赓;马飞骏

作者机构：

关键词： 茄子;SLAF-seq;遗传多样性;SNP位点

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2022 年 023 期

页码： 7940-7949

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为研究茄子种质资源的亲缘关系，本研究利用SLAF-seq （Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing）简化基因组测序对40份茄子高代自交系进行简化基因组测序，利用获得的SNP （Single nucleotide polymorphism）标记进行遗传结构分析。本研究共获得700 639个SLAF标签和1 248 593 SNPs。结果表明，SNP数量在每条染色体上和同一条染色上的不同位置差异较大，注释结果表明SNP和InDel主要发生在基因间隔区。利用获得的SNPs多样性可以将40份材料分为3个类群。SNP分类结果与根据青枯病抗性分类结果基本一致，而与根据果形果色分类结果不一致，通过筛选，获得了高质量的122个perfect SNPs。本研究结果为杂组合的选配提供了参考，同时所开发的SNP位点为KSAP高通量基因分型奠定了良好的基础。

分类号： S641.1

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