高粱GATA基因家族的全基因组鉴定及表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 宋迎辉

作者： 宋迎辉;朱灿灿;代书桃;秦娜;王春义;张真;李君霞;平西栓

作者机构：

关键词： 高粱;GATA基因家族;全基因组鉴定;系统发育;表达分析

期刊名称： 山东农业科学

ISSN： 1001-4942

年卷期： 2022 年 54 卷 008 期

页码： 14-23

收录情况： 北大核心

摘要： 本研究利用生物信息学方法对高粱GATA基因家族成员进行全基因组鉴定和分析,以期为其基因功能研究奠定基础.结果表明,在高粱基因组中共鉴定到30个GATA基因,不均匀地分布在8条染色体上,2号和7号染色体无分布;26个基因含有CX2 CX18 CX2 C保守基序,SbGATA3、SbGATA4、SbGATA18和SbGATA30含有CX2 CX20 CX2 C保守基序;进化树分析表明,高粱GATA基因家族可分为4组,分别包含15、9、4、2个基因,同一组内的成员保守锌指结构域蛋白序列一致性更高,基因结构和保守基序高度相似;高粱GATA蛋白与单子叶植物玉米和谷子的同源性大于双子叶植物拟南芥;顺式调控元件分析发现,SbGATA启动子序列中存在调控生长发育、激素信号传导和逆境胁迫响应元件,检测到光响应元件G-box、脱落酸响应元件ABRE、茉莉酸甲酯响应元件CGTCA-motif和厌氧诱导响应元件ARE数量最多,另外检测到低温响应元件LTR和干旱诱导性元件MBS.表达分析表明,SbGATA16、SbGATA9、SbGATA25和SbGATA20在多数组织中表达量均较高.模拟干旱处理高粱GATA基因转录组数据分析发现,SbGATA11和SbGATA26上调表达,说明这两个基因可能在干旱胁迫响应中发挥重要作用.

分类号： S514:Q78

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