莴苣线粒体基因组密码子使用偏好性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张扬

作者： 张扬;孙曙光;李晴;魏珍

作者机构：

关键词： 莴苣;线粒体基因组;密码子偏好性;有效密码子数;最优密码子

期刊名称： 河南农业科学

ISSN： 1004-3268

年卷期： 2022 年 010 期

页码： 114-124

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了分析栽培莴苣Lactuca sativa‘Salinas’和野生莴苣Lactuca saligna的线粒体基因组密码子使用特征差异，对2种莴苣的线粒体基因组编码序列进行密码子使用偏好性研究，比较其密码子偏好性形成的影响因素和演化过程。结果表明：栽培莴苣和野生莴苣线粒体编码基因的总GC含量分别为43.43%和42.54%，富含A/T碱基。2种莴苣的有效密码子数（ENC）都在36.61～61.00，密码子偏好性较弱。中性绘图分析表明，2种莴苣线粒体编码基因的第1、2位和第3位碱基GC含量较为保守，选择是影响2种莴苣线粒体基因密码子使用偏好性的主要因素。PR2-plot分析表明，2种莴苣线粒体基因第3位碱基更偏好使用嘧啶碱基。ENC-plot分析结果显示，2种莴苣的线粒体基因密码子偏好性主要受到选择压力影响。对2种莴苣的相对同义密码子使用度（RSCU）分析表明，栽培莴苣和野生莴苣分别有28个和29个高频密码子，除亮氨酸外，2种莴苣的高频密码子均以A/U结尾。2种莴苣线粒体编码基因的密码子使用偏好性总体上较接近，但最优密码子存在较大差异。这种差异可能是因为2种莴苣的低表达基因库差异造成的，也可能与选择压力及人工育种对栽培莴苣线粒体基因组进化的影响有关。

分类号： S636.2

  • 相关文献

[1]普通野生稻线粒体蛋白质编码基因密码子使用偏好性的分析. . 2019

[2]茄腐镰孢(Fusarium solani)线粒体基因组密码子偏好性分析. 李秀璋,宋辉,李春杰. 2015

[3]玉米线粒体基因组密码子偏好性分析. 侯梦薇,汪文睿,曹言勇,吴晓林,李会勇. 2025

[4]籽粒苋叶绿体基因组密码子偏好性分析. 冯瑞云,梅超,王慧杰,雷梦林,田翔,侯雅静. 2019

[5]扁蓿豆叶绿体基因组密码子偏好性分析. 田春育,武自念,李贤松,李志勇. 2021

[6]菠萝密码子使用偏好性分析. 陈哲,胡福初,王祥和,范鸿雁,张治礼. 2017

[7]高产小粒咖啡叶绿体基因组密码子偏好性分析. 李亚麒,严炜,娄予强,黄家雄,胡发广,付兴飞,李亚男,程金焕. 2023

[8]复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性分析. 肖明昆,聂恺宏,沈绍斌,刘倩,段春芳,李月仙,张林辉. 2023

[9]芒果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析. 唐玉娟,赵英,黄国弟,付海天,宋恩亮,李日旺,金刚. 2021

[10]冬凤兰叶绿体基因组密码子使用偏好性分析. 晋宇轩,杜致辉,杨澜,石乐娟,陈之林. 2023

[11]小粒咖啡铁皮卡叶绿体基因组密码子偏好性分析. 李亚麒,黄家雄,娄予强,付兴飞,王健敏,李亚男,吕玉兰,李贵平,程金焕. 2023

[12]草菇密码子偏好性分析. 蒋玮,吕贝贝,何建华,王金斌,吴潇,武国干,鲍大鹏,陈明杰,张劲松. 2014

[13]高山松叶绿体基因组密码子偏好性模式. 李江飞,李亚麒,唐军荣,陈诗,陈林,蔡年辉,许玉兰,唐红燕. 2023

[14]尖孢镰刀菌全基因组密码子偏好性及特征分析. 路景诗,赵远征,王东,李晓杰,彭静文,张龙梅,张晓明. 2022

[15]基于RNA-Seq的莲雾密码子偏好性分析. 胡福初,陈哲,郭利军,罗志文,陈业光,范鸿雁,王祥和. 2017

[16]霸王密码子偏好性分析. 吉德娟,王占林. 2023

[17]云南樟叶绿体基因组密码子偏好性分析. 肖明昆,严炜,熊贤坤,沈绍斌,宋记明,易怀锋,张林辉. 2022

[18]香蕉基因组密码子使用偏好性分析. 黄羽,卢江,魏征,尹玲. 2017

[19]'白毫早'叶绿体与线粒体基因组密码子偏好性分析. 曾文娟,刘珊,文聪,张其湘,黄静,龚意辉,陈致印. 2025

[20]长囊水云叶绿体基因组密码子使用特征分析. 刘福利,王飞久,邵展茹. 2012

作者其他论文 更多>>

微信小程序