基于全基因组重测序的拟鳄龟遗传多样性及遗传结构分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 杨华琳

作者： 杨华琳;李伟;纪利芹;朱新平;洪孝友

作者机构：

关键词： 拟鳄龟;全基因组重测序;遗传多样性;遗传结构;SNP位点

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2024 年 55 卷 011 期

页码： 3392-3403

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】从全基因组水平开展拟鳄龟养殖群体遗传多样性及群体遗传结构分析，评估养殖拟鳄龟的种质资源状况，为拟鳄龟种质资源的开发与利用及促进其养殖产业健康发展提供参考依据。【方法】分别从肇庆高要市活道镇荣杰龟鳖专业合作社（RJ）、肇庆市滋源龟鳖养殖专业合作社（ZY）和肇庆市四会肇庆盛科农业发展有限公司（SK）各采集30只拟鳄龟，通过对3个拟鳄龟养殖群体90个样本进行基因组重测序，基于全基因组单核苷酸多态性（SNP）进行系统发育进化树分析和主成分分析，从基因组水平评估养殖拟鳄龟遗传多样性及群体遗传结构。【结果】基于形态性状比例参数的聚类分析结果显示，3个拟鳄龟养殖群体分为两大分支，SK群体与RJ群体先聚类在一起，然后与ZY群体聚合。在3个拟鳄龟养殖群体中共检测出708112个SNPs位点，过滤筛选后获得220950个高质量纯合SNPs位点和440435个高质量杂合SNPs位点。3个拟鳄龟养殖群体的单核苷酸密度均为0.01 SNP/kb，核苷酸多样性（π）为0.00166～0.00171，多态信息含量（PIC）为0.151～0.154，观测杂合度（Ho）为0.171～0.205，近交系数（FHOM）分布在0.0571～0.1110；不同群体间的遗传分化系数（Fst）在0.0056～0.0138，基因流（Nm）在-0.2486～-0.2466。基于全基因组SNP构建的系统发育进化树显示，3个拟鳄龟养殖群体整体上可分为两大分支，第一分支主要由RJ群体和SK群体组成，第二分支主要由ZY群体组成，与形态聚类分析结果基本一致。主成分分析也发现，3个拟鳄龟养殖群体间的相互距离较近，且存在相互交叉现象。【结论】3个拟鳄龟养殖群体遗传多态性较低，遗传背景不够丰富，群体间遗传分化程度低，推测具有相似的遗传背景，来源于同一引种群体。因此，在今后的育种工作亟需引入新的种质资源，为种质创新提供更丰富的遗传基础。

分类号： S917.4

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