文献类型： 中文期刊
第一作者： 邱文明
作者： 邱文明;严莉;仝铸;苏春莉;何秀娟;肖翠;王泽琼;周明芹;袁龙义;孙中海
作者机构：
关键词： 山桐子;简单序列重复（SSR）;简化基因组测序（SLAF-seq）
期刊名称： 分子植物育种
ISSN： 1672-416X
年卷期： 2024 年 012 期
页码： 3929-3938
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 为开发山桐子（Idesia polycarpa Maxim.）简单序列重复（simple sequence repeat, SSR）分子标记，本研究构建了山桐子特异性位点扩增片段测序（specific-locus amplified fragment sequencing, SLAF-seq）数据库。基于多态性SLAF标签序列，利用MISA程序识别到SSR位点30 121个，SSR的发生频率为6.16%。SSR序列中包括3 451种基元重复类型，其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复基元，SSR位点数分别为22 191 （73.67%）、3 184 （10.57%）和1 338 （4.44%）。单核苷酸中A/T类型比例最高，为22 117 （73.42%）；二核苷酸和三核苷酸中以TA/AT （1 743; 5.79%）和AA～（A, G, C, T四种碱基均可）（233; 0.77%）重复比例最高，78.52%的SSR长度主要在10～15 bp之间。为验证SSR的可靠性，随机设计合成100对SSR引物，经PCR分析，其中96对引物能扩增出预期条带，35对引物能扩增出多态性条带。选择6对多态性引物对30份山桐子样品进行遗传分析，聚类结果很好地反映出样品来源、地理分布和资源特征。以上结果表明本研究开发的SSR标记成本低、多态性高，未来可用于山桐子种质资源分析、遗传图谱构建和分子辅助育种等研究。
分类号： S794.9
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