鸡16号染色体SNP单倍型和拷贝数变异对血清IgG含量的影响

文献类型： 中文期刊

第一作者： 周伟

作者： 周伟;刘冉冉;郑麦青;文杰;赵桂苹;陈国宏;常国斌;张磊;孙艳发

作者机构：

关键词： 鸡;16号染色体;CNV;单倍型和双倍型;血清IgG

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2013 年 44 卷 09 期

页码： 1355-1362

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在探讨鸡16号染色体SNP单倍型和拷贝数变异(Copy number variation,CNV)对血清IgG含量的影响。采用鸡60KSNP芯片对995只北京油鸡进行分型,同时测定80日龄IgG含量。分别采用PennCNV、Haploview 4.1和PHASE 2.0软件对拷贝数变异、连锁不平衡、单倍型分析及与IgG的关联分析。结果发现,该区域存在2个单倍型块和2个拷贝数变异区。Block1(59 984~73 717bp)单倍型分析发现3种单倍型和6种双倍型,其中双倍型H1H2血清中IgG含量是H3H3的1.45倍(P<0.05);Block2(102 256~138 076bp)内发现9种单倍型和9种常见双倍型,不同型之间差异不显著(P>0.05)。CNV1(6 471~59 984bp)是稀有型拷贝数变异区;CNV2(201 882~299 166bp)缺失型IgG含量是增加型的1.25倍(P<0.05)。分析挑选出8个与IgG抗体含量相关的SNP位点,结果发现Gga_rs16057310、Gga_rs15788237及Gga_rs15788101不同基因型之间差异显著(P<0.05)。结果表明:Block1和拷贝数变异CNV2(201 882~299 166bp)及SNP位点Gga_rs16057310、Gga_rs15788237、Gga_rs15788101对IgG含量有显著影响,位于这些区域附近含有CD1b、TRIM27、ZNF692及MHC与免疫机能相关的重要基因。

分类号： S831

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