民猪全基因组序列测定与分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张冬杰

作者： 张冬杰;何鑫淼;王文涛;汪亮;刘娣

作者机构：

关键词： 民猪;SNPs;InDel;主成分分析;分子进化树

期刊名称： 东北农业大学学报

ISSN： 1005-9369

年卷期： 2018 年 49 卷 11 期

页码： 9-17

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 民猪是我国优良地方猪品种,具有高繁殖、耐粗饲、抗逆和肉质优良等特性,但遗传背景模糊。为合理保护和利用民猪资源,利用Illumina Hiseq2000测序平台,采用双末端测序方法,测定10头民猪和4头东北野猪全基因组序列,统计分析SNPs和InDel标记信息,利用NCBI数据库中已知的50个不同个体的SNPs信息作主成分分析并构建分子进化树,使用θπ和Fst两个参数筛选民猪和东北野猪基因组内受选择基因。结果表明,民猪基因组内检测8 255 874个SNPs,大量的SNPs发生在基因间区及内含子区;与猪dbSNP数据库相比,新发现7 739 173个SNPs;检测到739 647个InDel位点,其中纯合多于杂合位点。民猪在遗传距离上介于亚洲猪种和欧洲猪种之间,说明民猪在品种形成过程中,曾引入欧洲猪血统,东北野猪则与亚洲家猪和亚洲野猪聚为一类,符合其地理分布。民猪基因组内共181个基因受到选择,涉及能量代谢、脂质转运、脊椎及视神经发育等。东北野猪基因组内共411个基因受到选择,涉及神经系统、免疫应答、繁殖、线粒体能量代谢等。

分类号： S828

  • 相关文献

[1]民猪唾液酸合成酶基因的克隆、表达及进化分析. 张冬杰,刘娣,汪亮,杨国伟. 2011

[2]三个猪种氨基酸组成对比分析. 张琪,张庆,张树敏,刘庆雨,李欣,高一,刘笑笑,张志彬,李兆华,王修权,李娜,于永生. 2023

[3]民猪与皮特兰猪杂交猪肉质研究. 何鑫淼,刘娣. 2013

[4]野猪骨桥蛋白基因表达及与家猪的对比分析. 张冬杰,刘娣,杨国伟,汪晓鸿,孙丽华. 2009

[5]鸡贫血病毒广州株VP3和VP1基因的克隆与序列分析. 沈海燕,张建峰,刘志成,周恒,郭翠丽,郭鹏举,张春红. 2015

[6]五龙鹅MHCClassⅠ基因克隆及同源建模研究. 贾晓晖,王宝维,王雷,李桢,张名爱,吴晓平,刘光磊,杨志刚,龙芳羽,张旭晖. 2006

[7]牦牛β-干扰素基因的克隆与表达. 李玉萍,景志忠,蒲训,窦永喜,陈国华. 2006

[8]五龙鹅MHC ClassⅠ基因克隆及同源建模研究. 贾晓晖,王宝维,王雷,李桢,张名爱,吴晓平,刘光磊,杨志刚,龙芳羽,张旭晖. 2006

[9]黑龙江省野猪线粒体D-Loop区的生物信息学分析. 杨国伟. 2010

[10]利用分子标记对‘淮稻5号’进行品种真实性鉴定. 顾伟航,田佳琪,朱明超,文正怀,严卫古,王兴龙,张大兵,袁政. 2018

[11]甘薯IbANR基因的多态性分析. 武传建,戚骁,李仁赛,封功成,苏静静,葛海军,马代夫,王爱民. 2017

[12]基于名优谷子品种晋谷21全基因组重测序的分子标记开发. 赵庆英,张瑞娟,王瑞良,高建华,韩渊怀,杨致荣,王兴春. 2018

[13]基于SSR、InDel分子标记的红甜菜遗传多样性分析. 刘蕊,刘乃新,吴玉梅,吴则东,兴旺,王秋红. 2019

[14]18个双孢蘑菇核心种质的重测序初步分析. 施肖堃,蔡志欣,郭仲杰,卢园萍,陈美元,廖剑华. 2019

[15]玉米Rubisco活化酶基因ZmRCA1的序列变异分析. 宋燕春,石云素,程伟东,吴子恺,王天宇,黎裕. 2011

[16]基于重测序开发的InDel标记定位陆地棉矮化突变体. 季高翔,杜雄明何守朴,潘兆娥,龚文芳,贾银华,王立如,王朋朋,耿晓丽. 2018

[17]利用SSR和InDel标记构建白菜×芜菁分子遗传图谱. 赵湘,于拴仓,薛林宝,张凤兰,赵凡,余阳俊,赵岫云,张德双,汪维红. 2011

[18]利用InDel标记鉴定化学杀雄杂交油菜‘秦油88’种子纯度. 李保军,尚丽平,王竹云,张立坚,郭凯红,赵小萍,赵卫国,李殿荣,*张椿雨,王灏. 2022

[19]8个水稻抗条纹叶枯病分子标记有效性的验证及评价. 张亚东,朱镇,陈涛,赵庆勇,周丽慧,于新,王才林. 2012

[20]大白菜自交系背景选择InDel标记与重要农艺性状的关联分析. 赵玉靖,卢银,冯大领,罗蕾,吴芳,杨锐,陈悦琦,孙晓雪,王彦华,陈雪平,申书兴,罗双霞,赵建军. 2021

作者其他论文 更多>>

微信小程序