基于简化基因组的花生InDel标记开发和功能解析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王娟

作者： 王娟;刘宇;李春娟;闫彩霞;赵小波;单世华

作者机构：

关键词： InDels检测;InDels分布;功能分析

期刊名称： 植物遗传资源学报

ISSN： 1672-1810

年卷期： 2019 年 20 卷 001 期

页码： 179-187

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： InDel在基因组中的分布密度仅次于SNP,可作为动植物群体遗传分析、分子辅助育种等研究领域的有效分子标记.花生是世界范围内重要的油料作物之一.目前,花生栽培种全基因组已经公布,为准确挖掘花生基因组信息提供了重要参考.本研究通过169份花生核心种质的GBS(Genotyping-by-sequencing)测序和比对,共获得大小分布在1~14 bp范围内的10401个InDels.染色体Arahy.16上分布的InDels最多,达741个;而在染色体Arahy.08上分布的最少,有263个.参考基因组注释信息,仅有1167个InDels分布在功能基因相关区域.经GO注释,InDel分子功能主要包括催化活性(catalytic activity)和结合(binding);生物过程主要涉及代谢过程(metabolic process)、单组织过程(single-organism process)和细胞过程(cellular process).经KEGG通路分析发现,InDels所在的基因区域的功能主要与代谢相关.本研究开发出全基因组水平的InDel标记,并做了相应功能分类和注释,为进一步分子验证和利用提供丰富的基因资源.

分类号：

  • 相关文献

[1]庭院经济型生态农业模式与配套技术(四). 夏彤,庞建国,于淑梅. 2002

[2]谢瓦氏曲霉间型变种esdC基因的功能分析. 刘荣,谭玉梅,刘永翔,刘作易. 2015

[3]玉米淀粉合成酶SSⅡa启动子的克隆及功能分析. 陈展宇,王阔,王晓梅,刘相国,崔喜艳. 2017

[4]中华稻蝗几丁质脱乙酰基酶1基因的分子特性及功能. 丁国伟,于荣荣,杨美玲,马恩波,杨静,张建珍. 2014

[5]猪Toll样受体4基因SNPs功能分析. 杨秀芹,陈月婵,汪亮,李海涛,刘娣,关庆芝,付博. 2012

[6]草莓叶片中5种新microRNA的RT-PCR鉴定及靶基因分析. 张馨宇,戚华彩,董向向,李贺,张志宏. 2016

[7]国内两大期刊全文数据库清华库和维普库的功能异同之分析. 许杰,王糯兴,郑东,万明明. 2008

[8]天山雪莲LEA14基因克隆及功能分析. 张林华,刘超,邱红林,王爱英,邓福军,祝建波. 2013

[9]东方百合T-DNA插入突变株侧翼序列的分离及分析. 张静,刘菊华,徐碧玉,贾彩红,张建斌,谭光兰,金志强. 2010

[10]西瓜噬酸菌ftsH基因功能分析. 季苇芹,闫建培,白雪,乔培,李智鹏,杨玉文,关巍,赵廷昌. 2019

[11]枣树2-半胱氨酸氧化还原酶基因Zj2-CP在干旱和盐胁迫下的功能分析. 聂园军,李倩,肖蓉,郭慧娜,张春芬,邓舒,侯丽媛,董艳辉,孟玉平,曹秋芬. 2019

[12]东方百合ANS基因的克隆与对拟南芥过表达的表型分析. 杨成龙,张洁,方少忠,郑益平,林智敏. 2021

[13]棉花转录因子基因GhMYBPA1的克隆及表达分析. 张安红,赵战胜,王志安,肖娟丽,刘圆,罗晓丽. 2020

[14]一个水稻Bowman-Birk家族基因功能的研究. 颜静宛,林智敏,苏军,宋亚娜,胡太蛟,王锋. 2018

[15]蛾类性信息素受体研究进展. 曹松,刘杨,王桂荣. 2020

[16]紫色马铃薯花青素StAN1基因的克隆及功能分析. 贾羊毛加,王芳,叶广继,王舰. 2019

[17]大豆转录因子GmNAC8的克隆及耐旱性功能分析. 方义生,刘宝红,陈水莲,陈海峰,张婵娟,袁松丽,郝青南,杨中路,张晓娟,单志慧,邱德珍,陈李淼,周新安. 2017

[18]花生赤霉素3-β-双加氧酶(AhGA3ox)基因家族的全基因组鉴定及表达分析. 李海芬,鲁清,刘浩,温世杰,王润风,黄璐,陈小平,洪彦彬,梁炫强. 2024

[19]苦荞转录因子FtNAC11的克隆及其功能分析. 杨迪,张凯旋,赵辉,伍小方,杨克理,周美亮,张金林. 2021

[20]无籽沙糖橘泛素结合酶E2基因CrUBC2的克隆及功能分析. 吴秀兰,李桂花,唐文武. 2023

作者其他论文 更多>>

微信小程序