基于SRAP-PCR技术开发荞麦种间特异标记及相关序列分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王丽

作者： 王丽;孙朝霞;刘荣华;侯思宇;李红英;韩渊怀;黄可胜

作者机构：

关键词： 甜荞;DNA多态性位点;SRAP-PCR技术;分子标记

期刊名称： 山西农业大学学报(自然科学版)

ISSN： 1671-8151

年卷期： 2016 年 36 卷 12 期

页码： 879-884

摘要： [目的]荞麦种质资源繁多,天然的自交不亲和特性使甜荞繁殖的种子存在一定程度的杂合。而苦荞的自交亲和特性又使其繁殖种子世代生殖隔离。为开发鉴别不同荞麦品种以及种子纯度特异分子标记。[方法]基于SRAPPCR技术,根据40个荞麦品种间DNA多态性位点,将种间差异PCR扩增位点的DNA带回收测序,生物信息学分析其序列特征。[结果]克隆了8个种间多态性位点;经核酸序列分析,仅有2个差异PCR扩增位点序列包含SRAPPCR扩增的上下游引物序列,分别暂时命名为8802-1和M化5;其他位点分析表明均为单引物扩增序列。其中,8802-1位点核酸序列长度为705bp,包含3个常用酶切位点;预测到1个ORF区,所编码的氨基酸序列经BLASTP比对分析,未找到任何与蛋白质数据库中同源的氨基酸序列。M化5位点核酸序列长度为687bp,包含3个酶切位点和2个ORF,经BLASTP比对分析,预测第2个ORF编码的氨基酸序列与拟南芥的反转座子蛋白同源性为71%,推断该序列为包含一个反转座子元件的基因。[结论]本研究获得了2个品种特异位点序列,其中一个位点序列包含编码的反转座子元件,另一个为冗余的基因组序列,可进一步将这两个序列开发为STS标记,应用于荞麦种质资源遗传多样性分析、种子纯度鉴定、遗传图谱构建和分子标记辅助育种。

分类号： S517

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