基于SNP芯片分析瑶鸡2个群体亲缘关系

文献类型： 中文期刊

第一作者： 束婧婷

作者： 束婧婷;屠云洁;唐燕飞;刘一帆;蒋华连;巨晓军;章明;单艳菊;姬改革;邹剑敏

作者机构：

关键词： 鸡;亲缘关系;SNP芯片;遗传结构;近交系数

期刊名称： 中国家禽

ISSN：

年卷期： 2021 年 009 期

页码： 23-28

收录情况： 北大核心

摘要： 试验旨在揭示瑶鸡2个群体YA（贵州瑶山鸡）和YB（南丹瑶鸡）之间的遗传距离和亲缘关系,为培育市场需求的瑶鸡配套系提供参考和帮助。从YA和YB群体中分别随机抽取25只鸡,利用"京芯一号"鸡55K芯片对瑶鸡2个群体的亲缘关系进行遗传分析。通过主成分分析,瑶鸡2个群体个体随机聚在一起,没有出现明显的分别聚类现象,遗传背景相似。G矩阵和IBS矩阵表明瑶鸡2个群体大多数个体间亲缘关系较远。使用邻接（Neighbor-Joining,NJ）,基于IBS遗传距离分析结果对2个群体样本进行聚类,结果表明YA和YB分别聚为一大类,说明两个群体遗传距离较远,群体间亲缘关系相对较远。瑶鸡2个群体基于长纯合片段（Runs of homozygosity,ROH）的平均近交系数（FROH）为0.031 21,YA和YB群体近交系数分别为0.032 75和0.029 66,近交系数都很低。瑶鸡YA、YB群体的期望杂合度（He）分别为0.388 9、0.388 3,YA和YB群体观察杂合度（Ho）分别为0.400 1、0.400 3,说明瑶鸡两个群体的遗传多样性较低,群体的选育程度较高,整齐度较好。综合分析表明,瑶鸡两个群体近交系数很低,亲缘关系较远,遗传多样性较低。

分类号： S831.2

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