芒果转录组中SSR位点信息分析与引物筛选

文献类型： 中文期刊

第一作者： 罗纯

作者： 罗纯;武红霞;姚全胜;王松标;许文天;马小卫

作者机构：

关键词： 芒果;转录组;SSR信息;多态性

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2015 年 36 卷 07 期

页码： 1261-1266

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用Micro SAtellite软件分析筛选芒果转录组中的SSR位点。结果表明,在54 207条Unigene中共搜索得到4 103个SSR位点,出现频率为7.57%。其中,三核苷酸重复为主导重复类型,占SSR总数的38.19%,其次是单核苷酸重复(26.91%)。AG/CT和AAG/CTT分别是二核苷酸和三核苷酸重复的优势基元。根据SSR侧翼序列共设计6 915对SSR引物,随机挑选了230对进行PCR检测,获得93对多态性引物。由此可见,芒果转录组数据可以作为大量开发SSR标记的资源,这些SSR标记也将有助于芒果遗传多样性和种质资源鉴定的研究。

分类号： S667.7

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