基于锈斑蟳简化基因组数据的微卫星DNA标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 唐棣

作者： 唐棣;杨明秋;邹雄;刘洪涛

作者机构：

关键词： 锈斑蟳;简化基因组;微卫星;引物开发;遗传多样性

期刊名称： 广西科学

ISSN： 1005-9164

年卷期： 2024 年 31 卷 004 期

页码： 763-772

摘要： 锈斑蟳（Charybdis feriata）是我国重要的海洋水产种质资源保护对象，具有较高的经济价值和遗传育种价值，开发微卫星DNA（Microsatellite DNA）标记有助于锈斑蟳种群生态、种质资源等方面研究。本研究基于简化基因组测序技术获得锈斑蟳简化基因组序列信息，开展微卫星相关信息分析，并开发微卫星DNA标记。共检测到2 419 242个微卫星位点，其中二核苷酸和单核苷酸重复基序数量最多，各占总位点的43.95%和28.71%。六核苷酸重复基序的类型最多，达287种；其次是五核苷酸的重复基序的类型，为275种。不同类型SSR位点基序的重复次数也不同。使用Primer3 v2.3.6软件共设计出21 330对锈斑蟳微卫星引物，选取多态性高的192对引物在12个锈斑蟳样本中进行验证，有14对引物具有单一条带且多态性较好，每个引物的等位基因数为4-14,期望杂合度（He）和观测杂合度（H_o）分别为0.503-0.892和0.167-1.000,多态信息含量（PIC）为0.456-0.882。研究表明，本方法在筛选锈斑蟳SSR标记中是可行的，所得引物可以应用于锈斑蟳遗传多样性、种群遗传分析等研究。

分类号： S917.4

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