非标记探针HRM法在中国对虾EST-SNP筛选中的应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 吴莹莹

作者： 吴莹莹;孟宪红;孔杰;王清印;栾生;罗坤

作者机构：

关键词： 中国对虾;单核苷酸多态性;高分辨率熔解曲线

期刊名称： 渔业科学进展

ISSN： 1000-7075

年卷期： 2013 年 34 卷 01 期

页码： 111-118

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用高分辨率溶解曲线(High resolution melt,HRM),结合非标记探针技术,对中国对虾转录组EST测序序列中的118个候选SNP位点进行了位点多态性检测,获得了39个具有二等位基因多态性的SNP位点,占总候选位点的比例为33.1%。对这些SNP位点在一个48尾中国对虾群体中的多态性进行了分析,结果表明,观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.000～0.947和0.049～0.506,有效等位基因数分布范围为1.051～1.999,平均为1.574;多态信息含量分析显示39个位点的PIC值范围为0.0476～0.375,平均为0.272。另外,基因功能注释表明,39个多态SNP所在contig序列所对应的基因大都与免疫相关。以上这些结果表明,非标记探针HRM是一种简单快速而有效的SNP开发技术,可为中国对虾群体遗传学和遗传育种分析提供有效的候选标记。

分类号： S917.4

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